Comprendida entre Bogotá y Facatativá, recorrerá 39.6 km en doble vía, en dirección oriente-occidente.

El proyecto es un sistema ferroviario que en las zonas urbanas funcionará como tren ligero, con un máximo de 60 kilómetros por hora, y en las zonas interurbanas funcionará como tren de cercanías alcanzando los 100 kilómetros por hora.

[9]​[10]​ Tendrá estaciones ubicadas desde los 500 metros de distancia en los tramos urbanos, hasta 9 kilómetros en los interurbanos.

De hecho, se tiene contabilizado que en esa primera fase serán 130.000 personas movilizadas por día.

Comprendida entre Bogotá y Zipaquirá, recorrería 48 km en doble vía, en dirección norte-sur.

Ferrocarril del Norte (AK 9) con calle 250 en la localidad de Usaquén, tomaría la Diagonal 92 y la Av.

NQS atravesando la localidad de Barrios Unidos, seguiría por un corredor propio cruzando Teusaquillo, donde llegaría hasta la Calle 26 con carrera 66.

Adicionalmente, desde la gobernación de Cundinamarca se busca adicionar un ramal entre La Caro y Gachancipá.