El topónimo Lenguazaque, en muysc cubun (idioma muisca) quiere decir «fin de los dominios del zaque» o «faja de tierra del zaque», porque allí venía a descansar el zaque de Hunza (actual Tunja) y a bañarse en las aguas termales.
El primer encomendero de Lenguazaque fue Lázaro López Salazar.
En 1780 fue erigido municipio con su antiguo nombre de Lenguazaque, pues anteriormente se llamaba Sevilla.
De 1774 a 1785 fue cura José Domingo Duquensne, que en sus memorias dice que la iglesia fue erigida por el arzobispo fray Juan de los Barrios en 1556, es decir, creó la doctrina en dicho año, y fue consagrada a San Laureano.
Lenguazaque está rodeado por montañas (excepto por la zona norte) y cuenta con un río del mismo nombre.