También ocupó varios cargos públicos durante su vida en Colombia, participando en la Guerra de los Supremos.

En 1806 se unió el regimiento de Santiago de Liniers y luchó durante las invasiones inglesas para defender Buenos Aires y Montevideo.

A principios de 1809 su tío Martín de Urdaneta y Troconis, contador mayor de Bogotá, le llamó a que lo acompañara, recibiendo permiso del virrey Liniers junto a un certificado y un despacho del mismo.

A su paso por Guayaquil, el gobernador militar le pidió que liderada una columna de soldados a Cuenca, lo que cumplió con eficiencia.

Estaba en Bogotá cuando se formó la primera junta de gobierno local, uniéndose a Antonio Nariño.