[1]​ El topónimo «Aratoca» proviene de la lengua indígena guane.

Los guanes llamaban a esta zona Ana-Toca, que traduce «más allá de lo alto del río».

El pueblo se sitúa en el Cañón del Chicamocha, sobre la cordillera oriental.

Sus tierras son atravesadas por el río Chicamocha y la quebrada Cantabara.

El municipio de Aratoca inicia en el puente de pescadero donde finaliza su frontera con el municipio de Piedecuesta, pasa por el filo de la cordillera oriental levantando el imponente cañón del Chicamocha donde ubica varias de sus veredas y su famoso sector de chiflas, llega al ramal de Aratoca donde se divide la carretera y da paso para ingresar al casco urbano (5 minutos desde ese punto hasta el parque principal) o para continuar vía Bogotá, finalmente el municipio sostiene su jurisdicción hasta la vereda la laja en límite con Curití.