[3]​ Sin embargo, sería recién en 1848-1849 cuando se constituyeran los dos bloques permanentemente enfrentados entre sí durante todo el resto de la centuria: liberales y conservadores.

Sus principales motivos para irse a la guerra era que cuando un partido gobernaba hacía todo lo posible para excluir a su rival de todo cargo público o tomaba medidas o creaba leyes que disgustaban al otro.

Hubo además conflicto al principio por la esclavitud y las relaciones diplomáticas con los países vecinos incluyendo cuesitones fronterizas.

[4]​ Aunque decían defender reclamaciones populares, los liberales, tanto como los conservadores, temían al populacho y no dudaron en unirse entre ellos a pesar de ser tradicionales enemigos, para enfrentar a las disidencias, como las «sociedades democráticas» que ellos mismos fundaron en los años 1850, cuando los sindicatos empezaron a reclamar contra los privilegios que tenían las clases sociales de donde venían sus dirigentes bajo el lema «pan, trabajo o muerte» con líderes como José María Melo quien llegó a ser presidente pero derrocado por ambos bandos en menos de un año.

Estos dos partidos se agruparon bajo el Frente Nacional en la década de 1950, acordando la repartición del poder por dieciséis años dejando completamente por fuera a cualquier otro credo político.

La batalla que se dio en el barrio San Victorino favoreció a las fuerzas de Nariño y la guerra terminó momentáneamente, después de que los dos bandos acordaron unir fuerzas contra el enemigo común realista en el sur.

Estos caudillos fueron: Reyes Patria en Tunja, Juan A. Gutiérrez en Cartagena de Indias, Salvador Córdoba en Antioquia, José María Vesga en Mariquita, Manuel González en El Socorro, y Francisco Carmona en Santa Marta.

[1]​ Sin embargo este movimiento no contó con una dirección única, lo que permitió su derrota en 1841, y Obando debió huir a Perú.

Comenzó en el Estado Soberano de Santander extendiéndose al Cauca cuando los liberales tomaron las armas contra el gobierno nacional presidido por el conservador Mariano Ospina Rodríguez.

La Guerra Civil de 1860-1862 fue un conflicto que enfrentó al gobierno conservador de Mariano Ospina Rodríguez y el partido liberal defensor del federalismo, por las reformas llevadas a cabo por los conservadores y el presidente Ospina Rodríguez.

Hasta esta guerra unos 40 000 colombianos han perdido la vida en estos conflictos que arrasaron el territorio desde 1810.

[19]​ Se puede considerar que esta guerra marca en un sentido general una batalla por la formación de ideales en las instituciones educativas, aún por formalizar, para formar a la gente.

Se debate qué institución (ya sea religiosa o el Estado mismo) determina quiénes deben encargarse de la educación del pueblo e impartirla, puesto que se evidencia cómo la iglesia juega un papel extremadamente importante en este conflicto.

Esta guerra permitió la unidad pasajera entre las facciones radical e independiente al seno del Partido Liberal Colombiano.

Dicha inconformidad degeneró en una declaración de guerra que pronto fue adoptada por los demás estados con gobiernos liberales.

Si bien varios líderes radicales estaban en desacuerdo con un conflicto armado, sus temores fueron vencidos dada su oposición al presidente Núñez y las perspectivas de victoria que generaba la guerra en un comienzo.

Luego se quiso convertir en un levantamiento general, que tampoco contó con suerte pues se vio reducido a rebeliones de poca significación en algunos departamentos, a las cuales derrotó fácilmente el gobierno (en manos del Partido Nacional) en sólo 60 días de combates centrados en Cundinamarca y Santander.

Poco después Reyes sorprendió a una columna de 2000 liberales en el Capitanejo y la destrozó.

[22]​ En este periodo hubo confrontaciones entre partidarios del Partido Conservador (quienes estuvieron en el gobierno hasta el golpe de Estado de 1953) y el Partido Liberal (quienes combatían en la clandestinidad hasta su desarme, y en conjunto con militantes del Partido Comunista) sin haberse declarado una guerra civil, se caracterizó por ser extremadamente violento, incluyendo asesinatos, agresiones, masacres, persecuciones, destrucción de la propiedad privada y terrorismo por la afiliación política en gran parte del país y en el campo.

Este periodo de violencia bipartidista termina oficialmente en 1957 con la creación del Frente Nacional, una alianza entre conservadores y liberales y acuerdo para repartirse el poder por dieciséis años, el cual derivaría en el conflicto armado interno de Colombia debido a que las causas de la violencia no se solucionaron con dicho Frente sino que se agudizaron.

[38]​ No obstante, los grupos paramilitares como el Clan del Golfo[39]​[40]​ así como las disidencias de las FARC-EP no cesaron su accionar y conservan considerable capacidad armada[41]​ (estas estructuras son ahora denominadas Bandas Criminales (Bacrim),[42]​ o Grupos Armados Organizados (GAO);[43]​[44]​ en el caso de las disidencias de las FARC-EP, se les agrega el término Residuales-GAOR).

Además otros dos grupos de origen guerrillero mantienen capacidad de acción y confrontación: el ELN[45]​ y en menor medida la disidencia del EPL (a esta última se le considera una Bacrim o GAO por dedicarse exclusivamente al negocio del narcotráfico).