Batalla de Huilquipamba

[9]​ En 1839 se produce una primera rebelión que es aplastada en Buesaco por el general Pedro Alcántara Herrán, quien ocupa con una columna San Juan.En esos momentos había más revueltas en el resto del país y el Supremo deseaba ganar tiempo para saber cómo se desarrollaban.[9]​ Al mismo tiempo, el exguerrillero patiano realista Juan Andrés Noguera[10]​ encabezaba una rebelión monárquica con 800 irregulares y ocasionalmente actuó en coordinación con Obando.[10]​ Los ecuatorianos cruzan el río Guáitara el 26 de septiembre, dirigiéndose a Yacuanquer, donde acampaba Herrán con unos 2.000 soldados.El supremo marchó con 200 soldados al pueblo de La Laguna mientras dejaba a su segundo, Estanislao España, con 600 guerrilleros en Chaguarbamba pero las fuerzas aliadas aprovecharon para interponerse y atacarlo en Huilquipamba.[2]​ Lo que había comenzado como una rebelión religiosa en Pasto hizo brotar todo tipo de rencores y ambiciones personales en el país,[17]​ los santanderistas (liberales) empezaron a alzarse en varias provincias contra el Márquez usando como justificación la intromisión de tropas extranjeras.