Guerra del Cauca

Flores publica una proclama para pastusos y caucanos anunciando que enviaría un ejército de 3.000 hombres desde Ibarra para incorporarlos al Ecuador.[11]​ El presidente Juan José Flores, luego de mandar guarniciones a Pasto, visitó esas ciudades y expidió un decreto en el cual declaraba incorporado el antiguo Departamento del Cauca al Ecuador.En 1831 anexó Popayán y el Congreso Ordinario de ese año declaró oficialmente la incorporación del Cauca al Ecuador, pero condicionó aquella resolución a la Convención Colombiana para que delimitara los nuevos Estados que debían componerla.[10]​ Obando reclutó unos mil quinientos soldados en todo el antiguo Cauca y marchó a Pasto, con el fin de capturar la ciudad.Al llegar las fuerzas ecuatorianas al mando del general Farfán se habían retirado ante la actitud hostil del pueblo de Pasto, y aunque los soldados ecuatorianos triunfaron en algunos combates, la falta de abastecimientos los hizo doblegar.