Mientras tanto Perú incluyó estos territorios en su república, alegando en su defensa los principios jurídicos del uti possidetis y la libre determinación de los pueblos.

La prueba la da el siguiente documento: Nueva Granada presentó un reclamo al rey, en el Tribunal del Consulado de Cartagena de las Indias, pues consideraba que Guayaquil había sido segregada solo en los asuntos mercantiles pero que aún estaba bajo su dominio.

La Carta entregó el poder a un triunvirato integrado por José Joaquín de Olmedo, Francisco María Roca y Rafael Jimena.

Ello provocó que Olmedo, Roca y Jimena se dirigiera hacia el Perú, temiendo una retaliación de Bolívar.

La batalla final nunca sucedió, pues ambas partes decidieron poner fin a la guerra, celebrándose el Convenio de Girón.

El nuevo gobierno de Agustín Gamarra cesó las hostilidades y se avino a celebrar la paz.

Al principio, hubo consenso en empezar la línea en el río Tumbes, pero, en cambio, no se pudo llegar a un acuerdo sobre los ríos Chinchipe y Huancabamba.

Esto último implicaba que el Perú cedía generosamente toda la extensa región selvática al norte del Amazonas, es decir, gran parte de Maynas.

Pero la insistencia del ministro colombiano, que no se contentaba con solo ganar “unas selvas en Jaén y Maynas”, hizo imposible un arreglo definitivo.

Quedarían solo pendientes los límites definitivos entre los ríos Chinchipe y Huancabamba, donde se localizaba Jaén de Bracamoros.

El naciente Estado del Ecuador, inicialmente no reclamó al Perú ninguna de esas provincias; ello solo lo haría en años posteriores.

Sin embargo, Rocafuerte decidió permanecer al margen de la guerra contra la Confederación Perú-boliviana e incluso se ofreció para mediar entre ambos contendientes, lo cual no fue aceptado por Chile.

Ya por entonces había desaparecido la Confederación Perú-Boliviana, volviendo a ser el Perú y Bolivia estados separados.

Flores no solo aspiraba para el Ecuador los territorios peruanos de Jaén y Maynas, sino algunas porciones más al sur.

[49]​[50]​ Después de cambios preliminares, Ecuador envió al general Bernardo Daste como ministro plenipotenciario en Lima, para aliviar las tensas relaciones y tratar con el canciller peruano Agustín Guillermo Charún.

La otra revolución fue en Quito, en donde fue proclamado un triunvirato formado por Gabriel García Moreno, Jerónimo Carrión y Pacífico Chiriboga.

Acordaron estos autorizar al general Guillermo Franco para reunirse con el mariscal Ramón Castilla, sin alterar en forma alguna los límites de los dos países.

Ya en Guayaquil, exhibió la cédula para que lo revisaran las autoridades políticas, los ministros plenipotenciarios ecuatorianos y los notables de la ciudad.

El canciller peruano Cesáreo Chacaltana elevó su protesta, logrando que el gobierno ecuatoriano suspendiera toda diligencia con respecto a dicha cesión, hasta que no se hiciera una demarcación territorial conforme a un tratado de límites, cuyas bases podían de una vez formularse.

Por lo demás, por entonces, no se concedía importancia a la región amazónica, ya que eran territorios inhóspitos y muy despoblados.

Ecuador no aceptó ninguna revisión del tratado, mientras que el Congreso peruano se mantuvo inflexible en su posición.

Para asistir a esta conferencia tripartita fueron nombrados, por Colombia, el doctor Aníbal Galindo, como abogado especial, y Luis Tanco, quien era encargado de negocios en Lima.

Al iniciarse el siglo XX, se sucedieron incidentes en la frontera, debido a ausencia de límites establecidos.

Ello se originó cuando un destacamento ecuatoriano, partiendo desde su estación de Aguarico, remontó el Napo e incursionó en territorio peruano.

Sucedió que, en esos días, el ecuatoriano Enrique Baquerizo Moreno se encontraba en Madrid y envió noticias alarmantes a la ciudad de Guayaquil sobre la gravedad del problema limítrofe, adjuntando detalles del posible laudo arbitral y dejando entrever que sería perjudicial para el Ecuador.

[67]​[68]​ Eloy Alfaro, el presidente del Ecuador, se vio obligado a seguir la corriente nacionalista de su país y nombró una Junta Patriótica Nacional encabezada por Federico González Suárez y Luis Felipe Borja Pérez (padre) e integrada por las personas más representativas del país, para que le asesoren en la solución de este problema.

La delegación diplomática peruana comenzó argumentando líneas demarcatorias, e incitando a que el presidente de los EE.

Estas aldeas eran Borja, Barranca, Santander, San Antonio, Parinari, Regis, Nauta, Omaguas, Iquitos, Destacamento, Pebas, Oran y Mazan.

Más allá de las posiciones nacionales, también existieron en esta guerra intereses internacionales y un "fuerte olor a petróleo".

[78]​ En este conflicto ocurrió el primer combate aéreo, en que algunas aeronaves peruanas fueron abatidas por aviones de las fuerzas ecuatorianas.