Nunca hubo declaración formal de guerra entre ambos países ni llegó a generalizarse por toda la frontera común.

[22]​ Las fuerzas peruanas se movilizaron hacia el sur de la Gran Colombia (actual territorio ecuatoriano).

El Perú, basándose en una rigurosa investigación historiográfica, ha rechazado la existencia de este tratado, pues, entre otras razones, jamás se encontró el documento original, así como al hecho de que, para esa fecha, ya la Gran Colombia se había desintegrado.

Ambos países daban pues, por sobreentendido, que el Tratado Larrea-Gual había caducado con la disolución de la Gran Colombia.

El Perú respondió que dichas provincias eran peruanas por la Real Cédula de 1802 (por la cual, Maynas había vuelto al Virreinato del Perú); y por la posesión continua que había ejercido sobre dichos territorios (todas esas provincias habían jurado la independencia del Perú en 1821 y desde entonces fueron territorio de la república peruana, ininterrumpidamente).

Sin embargo, al ser derrotado Franco por el gobierno de Gabriel García Moreno instaurado en Quito, dicho tratado fue desaprobado (1861).

En 1887, un acuerdo suscrito por ambas naciones estableció que la regente del Rey de España actuaría como árbitro en el litigio limítrofe.

Esto ocasionó una grave tensión con el Perú que casi desemboca en un conflicto armado.

Gracias a la mediación de la Argentina, Brasil y los Estados Unidos, se evitó la guerra, pero el rey español (en ese entonces Alfonso XIII) se inhibió de pronunciar su sentencia, fracasando así la fórmula del arbitraje.

Este tratado causó malestar tanto en Perú (donde se señala que el presidente Augusto B. Leguía lo suscribió bajo presión de los Estados Unidos), como en Ecuador, que se veía, de esa forma, limitando con Perú por el este.

Pero una vez más las conversaciones fracasaron debido a las aspiraciones ecuatorianas de llegar al Marañón y el Amazonas, lo que implicaba afectar la soberanía peruana sobre extensos territorios.

Eso supuestamente implicaba que lo establecido en el protocolo no correspondía con la geografía real de la zona.

Como conclusión, Ecuador mantuvo durante años la tesis de que el protocolo era inejecutable.

En el plano diplomático los representantes peruanos y ecuatorianos no llegaron a ponerse de acuerdo.

El presidente ecuatoriano José María Velasco Ibarra, en 1960, pretendió declarar la nulidad del Protocolo de Río de Janeiro, arguyendo que "fue firmado bajo la fuerza y con amenazas", cuando las fuerzas peruanas "ocupaban" territorio ecuatoriano.

La visita del presidente peruano, Alberto Fujimori, se proponía allanar las dificultades que impedían una solución diplomática al problema fronterizo, con el llamado «Pacto de Caballeros».

[37]​ Chile, por su lado, también había realizado entregas de armas y pertrechos militares al Ecuador, en plena guerra del Cenepa.

Sin embargo, las tropas peruanas que luchaban contra Sendero Luminoso irían ganando, desde 1980, una experiencia en combate real que les sería de utilidad a la hora de entrar en acción en el conflicto y esto ya era una ventaja para ellas.

Estos ataque fueron posibles gracias al uso de tecnología moderna, tal como el posicionamiento global satelital GPS, para localizar con precisión su objetivo.

A pesar de su preparación, no hay registro del ejército ecuatoriano acerca de lo que pasó el "Miércoles negro", el día en que Tiwinza cayó en manos del Ejército peruano.

En una «carta» escrita por un supuesto alto militar del Ejército peruano y publicada en la Revista Caretas, está escrito:[48]​ El general EP Bladimiro López Trigoso, encargado de las operaciones militares por el lado peruano durante el conflicto armado, dio declaraciones similares ante una comisión investigadora del Congreso peruano:[49]​ Otro aspecto de gran importancia es la diferencia en los gastos militares de ambos países.

[50]​ A pesar de la diferencia en gastos militares, no todo se encontraba a favor del lado ecuatoriano, vistas las limitaciones impuestas por el ejecutivo ecuatoriano, que prohibió al alto mando militar emprender acciones contra el eje Jiménez Banda-Soldado Pastor, desde donde llegaban abastecimientos y refuerzos.

[66]​ Sin embargo, en incidentes "confusos", se producen nuevos combates en la zona del Cenepa (Tiwinza, Base Sur y Cueva de los Tayos).

[9]​ Esta situación se ha visto reflejada en los miembros caídos en acción que nunca han sido indemnizados.

Por el lado ecuatoriano, en 1996 se adquirieron 4 aviones Kfir C.2 y también se empezaron las negociaciones para la adquisición de 8 Kfir C.10, negociaciones que fueron vetadas por el gobierno de los Estados Unidos para evitar una escalada armamentista en la región.

Sin embargo, cuando las aeronaves fueron puestas a disposición de la Fuerza Aérea del Perú (FAP), los pilotos encontraron aparatos cuyas condiciones técnicas hacían imposible cumplir con la estrategia militar aprobada por Fujimori, ya que se encontraron en su posterior inspección con serias fallas estructurales, siendo conocido de muchas fuentes este defecto, ni siquiera eran aparatos aptos para operar por la noche.

Al no poderse alcanzar la paridad con Ecuador y mucho menos lanzar una ofensiva con esas aeronaves.

En 1998 en el salón Amarillo del Palacio de Gobierno los civiles recibieron con aplausos y cantando el himno nacional la decisión de los garantes, mientras que los militares mantuvieron otra actitud: tristeza, dolor, rabia, ira y resignación, reflejaban sus rostros:

Todos los prejuicios, resentimientos, aversiones y actitudes de rechazo frente al pueblo vecino se esfumaron.

[1]​ Eslogan que sirvió como polo de unidad hacia un enemigo común como lo cuenta Paco Moncayo: