Durante estos sucesos, las fronteras no estaban bien delimitadas, es por ello que en diversas ocasiones hubo disputas.

En la región del río Napo hubo encuentros fortuitos entre peruanos y ecuatorianos los cuales estos últimos fueron rechazados.

[5]​ En tanto en Quito, el ministro de Relaciones Exteriores del Ecuador, Abelardo Moncayo, planteó en 1901 la tesis del statu quo en los territorios en litigio con el Perú y al no ser rebatida por el plenipotenciario peruano en Quito, esta nota fue considerada más tarde como argumento favorable para la fórmula ecuatoriana.

El Perú respondió que en ningún momento había incurrido violación de dominios; sin embargo se ordenó el retiro de las fuerzas peruanas hacia Iquitos, retiro que fue aprovechado por los ecuatorianos quienes siguieron penetrando en dicho territorio (actualmente Peruano), apoderándose del Alto Napo y del río Aguarico, con el objetivo de acercarse al río Amazonas por la boca del río Curaray.

[7]​ Estos acontecimientos dieron lugar a firmarse en Quito el Protocolo, entre el ministro plenipotenciario del Perú en Ecuador Don Miguel Valverde, por el que acordaron ambos países someter el conflicto al arbitraje de España, que aceptando, nombró como comisario  Regio al literato Don Ramón Menéndez Pidal quien luego de recibir los informes del personal técnico de geógrafos e historiadores, preparó la sentencia resolutoria que debí ser elevada a conocimiento del rey de España; pero antes que esto sucediera se produjeron manifestaciones violentas en Quito y Guayaquil, con expresiones de hostilidad para el Perú, con palabras que llegaron a hechos.