Consumada la independencia de la Gran Colombia (correspondiente a los países actuales de Ecuador, Colombia, Venezuela y Panamá) y del Perú, Simón Bolívar se mantuvo como Dictador en el Perú y decretó algunas medidas que contrariaron indistintamente a diversos sectores de la sociedad peruana.

[9]​ Existían también desacuerdos concretos en cuanto a cuestiones fronterizas entre los dos países, exactamente por Tumbes, Jaén y Maynas (todos ellos pertenecientes al Perú, de acuerdo al principio de la libre determinación de los pueblos y al uti possidetis) y Guayaquil (anexada a la Gran Colombia).

[13]​ Una vez constituido el Estado Ecuatoriano, sus políticos consideraron que debía negociarse con el Perú la firma de acuerdos y tratados, particularmente para trazar la frontera entre ambos países, sobre todo en la parte amazónica.

Ello implicaba que ambas partes consideraban ya sin validez al Tratado Larrea-Gual de 1829.

Mediante dicho contrato, el Estado ecuatoriano entregaba a los acreedores ingleses representados por la Compañía Inglesa de Terrenos Ecuatorianos, Limitada (Ecuador Land Company) los siguientes territorios: 1 000 000 de cuadras cuadradas en Canelos a cuatro reales c/u 400 000 1 000 000 de ídem en el río Zamora a cuatro reales c/u 400 000 100 000 de ídem en los ríos Sulima, Atacames y Sua, a tres pesos c/u 300 000 Cabe señalar que los territorios de Zamora y Canelos se hallaban en el Oriente, y el resto pertenecía a la Costa.

Si bien el gobierno ecuatoriano sostenía que se trataba de territorios no explotados y baldíos, no dejó de tener opositores dentro del mismo Ecuador, reacios a cualquier transacción con una potencia extranjera.

Pero, de otro lado, ocasionó la protesta del Perú, ya que se disponían de territorios peruanos, como si fuesen ecuatorianos, como lo hizo notar el ministro plenipotenciario del Perú en Quito, señor Juan Celestino Cavero.

Cavero trató de agotar todas las medidas conciliatorias posibles, aunque en algunas ocasiones se extralimitó en sus declaraciones.

En Ecuador la oposición a estos dos políticos era también violenta, encabezada por Gabriel García Moreno y Pedro Moncayo.

[4]​ Mientras que la costa ecuatoriana era sometida a un bloqueo pacífico por parte de la flota peruana, en el Ecuador se desataba la anarquía y la guerra civil.

Castilla le ofreció apoyo decidido, que se materializó en armas, dinero y otros auxilios.

De otro lado, Loja adoptó la forma federal de gobierno, por su cuenta y nombró a Manuel Carrión Pinzano como su Jefe Supremo Civil y Militar del Distrito Federal Lojano.

Entonces García Moreno se dirigió a Paita para reunirse nuevamente con Castilla, en donde ocurrió la ruptura entre ambos, al darse cuenta García Moreno que Castilla también se reunía con un representante de Franco.

Pero al no ocurrir eso, el presidente Castilla decidió partir personalmente hacia el Ecuador, al frente de una expedición de 15 buques y con 6000 soldados a bordo.

[4]​ El presidente peruano Ramón Castilla se proponía entablar negociaciones directas con el gobierno ecuatoriano para solucionar de una vez el conflicto, pero se halló ante el inconveniente de que en el Ecuador se había desatado la guerra civil y la anarquía, habiéndose establecido en dicho país hasta cuatro gobiernos provisorios, que se disputaban el poder: un triunvirato en Quito, presidido por Gabriel García Moreno, una jefatura suprema en Guayaquil, al mando de Guillermo Franco y que dominaba toda la costa, un gobierno títere de Franco en Cuenca y un gobierno federal en la provincia de Loja, al mando de Manuel Carrión, por lo que el Estado ecuatoriano no tenía un gobierno legítimo, o, por lo menos, unificado.

Como los gobiernos del Guayas, Azuay y Loja llegaron a unificarse momentáneamente bajo el mando de Franco, Castilla decidió entenderse con este jefe, ya que controlaba la mayor parte del país, mientras que García Moreno solo dominaba la comarca de Quito.

Allí acordaron suspender las operaciones de guerra y convocar a los cuatro gobiernos del Ecuador establecidos durante su guerra civil, para elegir un gobierno general, que se entendiera con Castilla y firmara la paz.

Acordaron estos autorizar al general Guillermo Franco para reunirse con el mariscal Ramón Castilla, sin alterar en forma alguna los límites de los dos países.

El Perú no cobró gastos de campaña y más bien, en agradecimiento de las atenciones recibidas en Guayaquil, Castilla regaló uniformes, calzados y fusiles a las tropas ecuatorianas, que las carecían.

Rechazó sin embargo, la solicitud que le hizo Franco para combatir juntos a García Moreno.