En 1887 ambos países llegaron a un arreglo que Ecuador luego declararía perjudicial para su soberanía.

Ese mismo año ambas partes se reunieron en Washington, pero las conversaciones fracasaron por las reclamaciones ecuatorianas de llegar al Marañón y el Amazonas.

Durante el enfrentamiento armado las fuerzas armadas peruanas superaron fácilmente a las defensas ecuatorianas, ocupando militarmente las siguientes provincias (cantones) ecuatorianas: En la Costa: El Oro y Puerto Bolívar, ejerciendo el Perú un bloqueo marítimo a la ciudad de Guayaquil el principal puerto comercial y base naval del Ecuador.

Inicialmente Estados Unidos se erigió con un rol de liderazgo destacable en cuanto al proceso de paz que otros países del continente como Brasil o Argentina buscaban para el Perú y Ecuador.

[4]​ Tanto la confección como la firma del tratado fue singular en el campo del derecho internacional, si bien se adecuó a la normativa internacional americana recogida en la Convención de La Habana de 1928 (en el marco de la Sexta Conferencia Internacional Americana), el tener como partes firmantes a las partes involucradas y como garantes del tratado a Estados que ni tenían intereses territoriales en la zona ni alianzas determinantes con ninguno de los países en conflicto se considera pionero en el campo del derecho.

Sería sancionado el 28 de febrero por el presidente Carlos Arroyo y el canciller Julio Tobar Donoso.

[8]​ En cumplimiento con este Protocolo se empezaron a colocar los hitos que marcaban la línea fronteriza.