[1]​ El río Cenepa nace en la cordillera del Cóndor, casi en la frontera entre el Perú y Ecuador.

El río discurre siempre en dirección sur, bañando las localidades de Huampani (11 236 hab.

en 2005) y Orellana, donde desemboca en el río Marañón por su ribera izquierda.

Sus principales afluentes son los ríos Comaina y Numpatkaim.

Toda su cuenca pertenece muy poco habitada y explorada.