Después de la independencia, en 1821, pasó a integrar el departamento grancolombiano del Cauca hasta 1831, cuando fue suprimida.

Durante la época de disolución grancolombiana, el primer presidente ecuatoriano, general venezolano Juan José Flores solicitó que las provincias de Pasto, Popayán y Buenaventura se incorporaran voluntariamente al Ecuador.

Mandó entonces guarniciones a Pasto y visitó esas ciudades, donde expidió un decreto en que declaraba incorporado el Departamento del Cauca al Ecuador.

El General José Hilario López se sublevó en Popayán en favor de Nueva Granada y se entabló un combate entre el ejército ecuatoriano dirigido por Flores y el neogranadino, comandado por José María Obando.

El Tratado de Pasto tan solo dio límites a una parte de la frontera, no así al resto del territorio del Ecuador que vino a demarcarse posteriormente con Colombia.

Más tarde en 1857 éstas provincias, junto con las de Buenaventura, Popayán, Cauca, Chocó y el territorio del Caquetá, constituyeron el Estado Soberano del Cauca que fue convertido en departamento por la reforma constitucional en 1886.