Su condición de puerto principal en la costa del Pacífico y su rápido crecimiento comercial hizo que las pretensiones peruanas se manifiesten a través del general José de San Martín.

Simón Bolívar, en conocimiento del avance peruano, pretende reunirse en Guayaquil con San Martín para determinar su situación.

La entrevista entre Bolívar y San Martín se desarrolló el 26 de julio tratando ya otros temas con desventaja peruana en reclamo del territorio guayaquileño.

Las guerras del Estado colombiano estaban sostenidas financieramente por varios impuestos y contribuciones forzosas.

En los municipios se oponían a la figura del intendente, que estaba sometido al poder ejecutivo central y regulaba recursos fiscales.

[3]​ La población se oponían a las contribuciones directas recaídas sobre propietarios y profesionales.

Para comienzos de 1825, el Perú no tenía consolidada su independencia y aún existían reductos leales a la Corona española.

Varias veces el gobierno colombiano trató de retomar Guayaquil, incluso enviando fuerzas militares como en el caso de los generales José Gabriel Pérez y Juan José Flores, pero ningún intento tuvo éxito.

Guayaquil volvió a ser autónoma como cuando formaba la Provincia Libre de Guayaquil, y se mantuvo en este estado durante tres meses, hasta a mediados de julio del mismo año cuando el Mariscal Lamar debió abandonar la ciudad por haber sido designado Presidente del Perú.