[10]​ Los habitantes de Coquimbo quedaron deslumbrados al ver junto al nuevo gobernador el más grande ejército hasta entonces visto en estos lugares, contando con más de cuatrocientos cincuenta hombres[11]​ armados con arcabuces, vestidos con armaduras y penachos de plumas, y con cañones, pero debió enfrentar los mismos problemas con los encomenderos locales.

Una vez absuelto por el rey Felipe II de España retornó a Chile.

Frente a los malos tratos de los españoles hacia los indígenas y las rebeliones de estos se dedica a estudiar la situación presentó al gobernador un proyecto que si bien seguía manteniendo la encomienda, reformaba la situación existente.

[14]​ La tasa finalmente duró dos décadas y tuvo una parcial obediencia ya que a pesar de los abusos que seguían cometiendo los encomenderos igual reclamaban contra las normas de estas.

[15]​ En 1563, el oidor Santillán aseguraba que un tercio de la población andina estaba constituida por vagabundos.

Como fiscal se nombraría a su vez al doctor Pedro de Hinojosa.

Fue muy influenciado por la corriente humanista y los escritos desarrollados en la Escuela de Salamanca, así como las actitudes adquiridas originalmente por Isabel la Católica.

Junto con la creación del hospital se inició una cofradía o hermandad, en la cual podían entrar todos los voluntarios que quieran.

[16]​Su mandato lo conservó hasta el año 1571, pero nuevamente tendría problemas por sus arrebatos verbales con sus enemigos y por lo que debió volver a España para defenderse.

Del enlace entre Hernando de Santillán y Ana Dávila, hubo por lo menos dos[4]​ hijas: