Éste nombró a Alonso de Reinoso como corregidor (quien había tenido el mismo cargo en Angol), el cual presidía el cabildo de la ciudad.

Sin embargo, los españoles utilizaron a un yanacona proespañol, que se ofreciera para atraer a los mapuches al fuerte.

Estos confiaron en que el yanacona les abriría las puertas del fuerte durante la siesta de los españoles, pero cuando los mapuches ya habían entrado, éstos los atacaron por sorpresa, ocurriendo así la batalla del fuerte de Cañete.

Pocos días después el toqui Caupolicán es capturado, y empalado en un explanada ubicada en frente de la fortaleza.

Una nueva fundación de la ciudad, ordenada por Rodrigo de Quiroga en 1566, tampoco prosperó debido a los constantes ataques araucanos.