Cuatro años más tarde, el 6 de diciembre de 1557, el gobernador García Hurtado de Mendoza llega a las ruinas del fuerte, donde ordena levantarlo nuevamente, esta vez en piedra.

La obra se prolongó por tres días, según Alonso de Góngora Marmolejo.

Pocos días después el toqui Caupolicán es capturado, y empalado en un explanada ubicada en frente de la fortaleza.

[1]​ Pero en 1642 para cumplir lo establecido por las Paces de Quillín, el fuerte habría sido desmantelado, junto con todas las demás fortificaciones al sur del río Biobío, con excepción del Fuerte de Arauco.

Durante 1646, el gobernador Martín de Mujica, ordena el traslado del Tercio de Arauco, que debía mudarse al mismo sitio donde había existido el Fuerte de Tucapel.