No está claro cuándo empezó a llamarse Hospital San Juan de Dios, algunos autores sugieren el año 1638,[1]​ o en torno al año 1706[7]​ cuando pasó a manos de la orden betlemita[7]​[8]​ o incluso recién en el s. XIX[5]​ El hospital disponía de 2 hectáreas con áreas específicas para cada sector de pacientes.

El rey ordenó que se atendieran a los pacientes naturales de las tierras conquistadas, a los nacidos en España y sobre todo al ejército que cuidaba su colonia.

El hospital también funcionó como hospicio, maternidad, pediátrico, asilo de personas con enfermedades venéreas y dermatológicas, entre otros, y atendieron en su interior "yerbateros", chamanes, curanderos, médicos, barberos, sangradores, monjas de la caridad, barchilones, tecnólogos, asistentes sociales y frailes.

También en las instalaciones del hospital, el precursor de la independencia Eugenio Espejo, especuló que la causa de muchas enfermedades eran provocadas por animáculos microscópicos que se introducen en el cuerpo de las personas, mucho antes que Pasteur lo descubriera.

Así mismo, el médico Pedro Leiva develó la cura de la malaria que se encontraba en la corteza del árbol de quina.