En 1839 cesó el gobierno municipal delegando algunas funciones a la Intendencia de Policía.

Durante la época preinca en el departamento de Lima se asentaron diferentes civilizaciones como son la Chancay y la Maranga.

Lima también fue muy importante en la época del incanato, pues allí se asentaba desde tiempos anteriores la ciudad de Pachacámac, el más grande centro ritual de la época inca ubicado en la costa.

[5]​ La reunión de los miembros del Cabildo estaba presidida por dos alcaldes, elegidos anualmente.

La edificación del ayuntamiento colonial era sencilla y la historia de su construcción ha sido accidentada.

Poco después, en 1555, Cristóbal Garzón y Diego de Almagro tomaron a su cargo el nuevo edificio.