Fue entonces cuando Diego Manrique puso en alerta a sus fortalezas y comenzó una rebelión contra el rey castellano.
Por esos años, su persona cobró un gran protagonismo en la vida política del reino.
Aparentemente recompuesta la relación, en 1452 Juan II le concedió el título de conde de Treviño, pero al año siguiente lo arrestó, confinandolo en Segovia, y le secuestró sus bienes.
Esto suponía una sensible rebaja del valor original, tasado en 460 000 maravedíes.
Por entonces enfermó gravemente en Amusco y murió el 19 de octubre del mismo año.