Gonzalo Pizarro regresaba desde Chaqui, por su expedición al Potosí, armó una nueva expedición en Cuzco reuniendo a 170 soldados, 3000 indios y muchos camélidos de carga.

Tomó el camino de la sierra que conducía hacia el norte y al llegar a Quito fue recibido como teniente gobernador por el cabildo de dicha ciudad.

Desde allí marcharía al País de la Canela y luego buscar los rastros de El Dorado, que los relatos situaban hacia el oriente, en territorio selvático.

[1]​ Cada exploración española que llegaba tenía que enfrentarse a los terribles quijos, que eran guerreros conocidos por su valentía y rebeldía, y por eso los españoles regresaban por rutas diferentes para no volver a encontrarse con sus temidas lanzas.

Por este motivo, para controlar a los quijos llegó Andrés Contero como teniente de gobernador.

En 1563 los españoles iniciaron un nuevo proceso de expansión, pero antes pidieron permiso a Jumandy, cacique quijo, para avanzar al sur.

Es por esto que en 1578 se produjo el gran levantamiento de los quijos, caracterizados por su rebeldía, nunca fueron sometidos completamente y prefirieron morir o dejar su tierra antes que ser esclavizados.

Jumandy fue nombrado gran cacique de guerra, y encabezó la rebelión junto a Beto, Huami e Imbate.

Hasta entonces la rebelión era un éxito y Jumandy se alió con caciques indígenas de la sierra para destruir Quito.

Las consecuencias de la fallida rebelión fueron nefastas, los españoles se vengaron agudizando su abuso y explotación hacia los quijos.

En 1580 también llegaron los primeros sacerdotes, que pertenecían a la orden dominicana.

Y los del valle de Quijos (Baeza, Cosanga, Cuyuja) fueron a la sierra o hacia Puerto Leguízamo en la Amazonía del sur de Colombia.

Los que se quedaron prefirieron vivir en el anonimato cultural para no ser reprendidos.

Los quijos que quedaron pasaron a llamarse yumbos o alamas.

El territorio cayó en un casi total abandono, dadas las dificultades de acceso, lo cual hizo temer a la Corona su pérdida.

En 1745 una real provisión se dispuso: que se agregue la jurisdicción del río Napo al Gobierno de Quijos, por lo que Quijos reincorpó el territorio del bajo Napo que le pertenecía y estaba bajo dependencia de Maynas.

Constando también que en diciembre de 1803 el virrey de Nueva Granada, Pedro Mendinueta, en la Memoria a su sucesor, Antonio Amar y Borbón, afirma haberla obedecido.

En 1825 Maynas pasó a integrar parte del departamento de La Libertad.

[9]​ Durante estos años el área estuvo abandonada, los misioneros disminuyeron, y quedó expuesta a los traficantes de oro y especerías de la región.