No volvería allí hasta 1782, aunque a partir de ahí sus viajes serían más frecuentes.

En 1784 formó parte del ejército de La Habana, y un año más tarde fue a Nueva España para organizar las milicias urbanas.

[2]​ Esa fue una de sus principales preocupaciones, pues consideraba que el conocimiento geográfico del territorio era insuficiente.

José Celestino Mutis solicitó apoyo económico para un observatorio astronómico, que fue construido entre 1802 y 1803.

La reputación de Mendinueta fue buena en todo momento, por sus ideas avanzadas y por su gestión del virreinato.