Tras su muerte, su antiguo alumno James Lockhart escribió una sincera necrológica de su mentor.

Su tesis sobre la Orden Franciscana en el México colonial se convirtió en la base de su primer libro, The Millennial Kingdom of the Franciscans in the New World: A Study of the Writings of Gerónimo de Mendieta (1525-1604), que sigue siendo una obra importante en el campo de la América Latina primitiva.

La monografía de Phelan, The Hispanization of the Philippines: Spanish Aims and Filipino Responses (1959) sigue siendo una de las pocas obras sobre el Imperio español centrada en las Filipinas coloniales y tiene en cuenta las respuestas locales a las políticas de la corona.

[2]​ Su última monografía, The People and the King: The Comunero Revolution in Colombia 1781, se publicó póstumamente y recibió el Premio Beveridge de la American Historical Association en 1978.

[3]​ Phelan fue elegido Presidente de la Conferencia sobre Historia Latinoamericana en 1973[4]​ Fue becado en Guggenheim, del American Council of Learned Societies y de la Newberry Library.