Disimuladamente solía entrar en casas de familias indigentes a las cuales socorría generosamente.
Durante este tiempo, visitó también el territorio de su jurisdicción y logró constatar las verdaderas necesidades que existía en la población.
[2][4] Además, tendría que enfrentar varios problemas como las invasiones de piratas ingleses.
No solo hacía donaciones grandes y públicas, su generosidad se caracterizaba por repartir limosna de manera anónima también entre los pobres.
[2] El historiador Federico González Suárez resume el aprecio que existía para con Alonso de la Peña en la Audiencia de Quito, especialmente por su prudencia, piedad y caridad con los indígenas:[5] Su salud empezó a deteriorarse desde que en 1684 sufrió un ataque cerebral repentino.
[3] Escribió la obra "Itinerario para párrocos de indios" subtitulada en que se tratan las materias más particulares tocantes a ellos para su buena administración.
Además apoyaba la idea de que los indígenas tengan derecho a ser ordenados como sacerdotes.
Según el historiador Julio Tobar Donoso, este documento es una “enciclopedia de sociología pastoral”.
Algunos de los temas más importantes que se tratan en la obra son el salario justo, el tributo, el transporte a espaldas, los pagos por el ganado perdido, entre otras cosas.
Su obra ganó popularidad y después de su publicación en Madrid en 1668, se reeditó cinco veces, difundiendo sus ideas tanto en América como en Europa.
Para ello propuso quemar públicamente los ídolos, derribar los adoratorios y levantar cruces en su lugar.