Como religioso se dedicó al estudio de las Ciencias, Artes y Teología.
Siempre soñó con viajar a España, algo que se propuso desde joven y logró hacerlo después de terminar sus estudios.
Esto fue a su vez apreciado por lo que Felipe IV lo estimó mucho y le recompensó con el obispado de Chile.
Mientras estuvo allá se llevaron a cabo los funerales de Lope de Vega y la disputa literaria vería a los gongoristas triunfar, aunque se había publicado hace poco el "Antídoto contra las soledades".
Según su propio relato "salvó con vida después de caerle encima una viga que lo tiró al suelo bañándolo en sangre".
Por su parte Villarroel estimó en 710 000 ducados (987 860 pesos) las pérdidas sufridas por la Iglesia católica.
Esto principalmente debido a que no habría tenido el incentivo de "ejercitar ciertos dones suyos" para la prosa, así como también ejercer con virtud su cargo para afrontar las duras adversidades que le esperaban en esta etapa de su vida.
En Arequipa emprendería pues la construcción de la catedral y desplegaría sus labores religiosas con mucha efectividad.
[8] Sería pues en esta época, después de una larga carrera en varios municipios y tras haber enfrentado adversidades que dedicaría su tiempo a terminar su famoso libro "Gobierno eclesiástico pacífico" donde vuelca sus conocimientos de derecho civil como canónico.
Hombre que tuvo que luchar contra los prejuicios existentes, se dedicó de lleno a la tarea que le imponían sus capacidades, ganándose el éxito y, desde luego, la gloria de ser el más encumbrado representante de la manifestación cultural ecuatoriana en el siglo XVII.
Sin embargo también dedicaría un estudio a la "Historias Sagradas y Eclesiásticas Morales" de alto valor historiográfico, así como sus ensayos escritos al final de su vida publicados bajo el título "Gobierno Eclesiástico Pacífico".
[8] Este hecho fue recordado gratamente por el autor en su obra Historias Sagradas y Eclesiásticas Morales.
Al haber sido un libro que fue escrito por fuera de la universidad, lo hace mucho más especial pues muestra a Villarroel con conciencia de autor, y le motiva a expresar su estilo propio.
A su vez la estructura del libro se divide en veinte secciones entre los dos tomos, que se subdividen a su vez en varios artículos con temáticas tan particulares como: la conducta y dignidad de los obispos, el vestuario que deberían tener los oidores, el tamaño del cabello de los religiosos, las prerrogativas de las Audiencias, el celibato, la asistencia a las corridas de toros, el teatro, entre otras cosas.
Villarroel al ser un escritor del siglo XVII ha visto su obra compartir los juicios críticos característicos que se emiten sobre los escritos de esa época, finales del siglo de oro español.
Se conoce pues el parecer del historiador José Ignacio Eyzaguirre, quien en su libro titulado Historia Eclesiástica de Chile, se refirió a los escritos de Villarroel como una obra que propone dificultades que son las mismas de los antiguos heresiarcas y que muchas veces sus argumentos se basan demasiado en sutilezas escolásticas.
Estas relaciones políticas entre los que ahora son distintos países, así como la influencia cultural por su amor al teatro y a Lope, son una gran muestra de la dinámica del imperio español durante la última etapa del siglo de oro.