Pese a ser una villa, La Laguna no tenía cabildo.
Aclarando el virrey en el decreto de anexión que lo hacía: hasta que se restablezca en su legítimo mando el Excmo.
Señor Virey de Buenos-Ayres, y demás autoridades legalmente constituidas, pues solo la autoridad real podía desmembrar el territorio definitivamente del virreinato de Buenos Aires.
Después de la batalla de Yavi (15 de noviembre de 1816) las tropas españolas recuperaron el control territorial del Alto Perú, restableciéndose la Audiencia e Intendencia de Charcas, que pasó entonces a depender del Virreinato del Perú, al frente del cual se encontraba el virrey José Fernando de Abascal y Sousa, Marqués de la Concordia (1806-1816).
En plena lucha contra los independentistas, el último intendente fue Antonio Vigil en 1824 nombrado por Olañeta.