La rebelión estaba dirigida por los hermanos Tomás, Dámaso y Nicolás Katari, quienes levantaron en armas a los indígenas.Flores continuó su camino a La Paz y logró liberar esta ciudad en el mes de julio.El levantamiento indígena no había cesado y Flores tuvo que enviar a 600 soldados al pueblo de Achocalla para tratar de expulsar a los sublevados de esa región, los soldados quemaron el pueblo y degollaron a todos los aimaras que encontraron en el lugar.[2] Todavía quedaban fuerzas indígenas en la montaña de Killi Killi y Flores planeó un ataque dividiendo su ejército en 3 columnas, la pelea fue encarnizada y finalmente los aimaras lograron mantener sus posiciones, el mismo Flores resultó herido en el combate.El comandante de La Paz, Sebastián de Segurola, le pidió que retrasase su partida hasta lograr desalojar a los indígenas que todavía permanecían en la ciudad pero Flores solo aceptó dejar 500 soldados.Ignacio Flores continuó como presidente de la Audiencia teniendo que lidiar con la tensa relación entre españoles y naturales.Uno de ellos la plantea en estos términos: Flores se convirtió, durante las luchas emancipadoras del siglo XIX, en símbolo de las injusticias que en la Colonia perpetuaban los peninsulares contra los nobles americanos.
