Fue destinado al Estado Mayor de la Real Armada, pero en los últimos días de 1804 decidió incorporarse a la escuadra que se uniría en Cádiz a la flota francesa para la batalla decisiva contra Gran Bretaña.

Este evitó los ataques carlotistas exigiendo y logrando el traspaso del mando fuera de la capital, en Colonia.

Pero Cisneros asumió su cargo en un momento que era también de crisis económica: con la derrota de la flota española por la Marina Real británica, el comercio con las colonias se paralizó al no poder enviar barcos a estas.

Para no perder su apoyo, anuló el decreto de libre comercio que había dictado.

Para quedar en buenos términos con ambos, dio una prórroga de cuatro meses al libre comercio para que los ingleses pudieran finalizar sus asuntos.

En ambas ciudades se formaron juntas de gobierno por la ausencia del rey español.

Cisneros envió en su contra un ejército al mando del general Vicente Nieto, que logró un éxito incruento en Chuquisaca.

El alzamiento de La Paz, en cambio, fue aplastado por tropas enviadas desde el Virreinato del Perú, siendo sus dirigentes condenados a muerte.

En Buenos Aires, la represión aumentó el resentimiento de los revolucionarios porteños: Domingo French y Antonio Luis Beruti criticaban que los alzamientos altoperuanos —dirigidos por criollos españoles— fueran reprimidos con la pena capital, mientras los alzamientos contra Liniers —dirigidos por españoles peninsulares— hubiesen acabado en indultos.

Cisneros intentó incautar los periódicos traídos para que la noticia no se supiera.

Cisneros se vio obligado a proclamarla oficialmente el 18 de mayo.

Esto, sin embargo, resultó insuficiente, ya que los representantes de la multitud reunida en la plaza reclamaron que el pueblo había resuelto reasumir la autoridad delegada en el Cabildo Abierto del día 22, exigiendo la formación de una Junta.

La resistencia de estas instituciones creó un importante problema interno al gobierno.

La Junta Provisoria terminó el conflicto suspendiendo todo acatamiento hasta que se recibieran de la península documentos oficiales.

Allí los recibieron Castelli y Matheu quienes les comunicaron que el gobierno había decidido, para proteger sus vidas, embarcarlos de inmediato en un buque dispuesto al efecto para trasladarlos a un puerto español.

Tercera, con la contratación del cúter inglés Dart al mando de su propietario, el corsario y contrabandista Marcos Bayfield (que algunos historiadores escriben Grigied) ligado por lo comercial al vocal Larrea.

Cuando en marzo de 1811 Bayfield volvió a Buenos Aires, fue Larrea el encargado de gestionar lo pactado, elegir las mercaderías que debían ser exceptuadas y presentar las facturas justificativas, cosa que nunca hizo.

Cuarta, con tres tirajes que hizo la Gazeta, por primera y única vez, el día 23.

El editor valoró la acción del gobierno escribiendo que "El Sr. Cisneros, tres Oidores, y los Fiscales, serán dentro de poco presentados ante la Majestad del Trono (...) afortunadamente (sic) ya están lejos los que perturbaban vuestro sosiego.

(Gazeta extraordinaria 23 de junio de 1810 p. 69-82) Así se estigmatizó a los expulsados mostrando el poco respeto que, desde el inicio, tenían al nuevo gobierno y a la sagrada ceremonia del juramento.