[40] El Internado Universitario fue ubicado en la Serie F[41] y finalizó en la séptima posición, con cuatro puntos en total, por lo que le correspondía la desafiliación.
El año 1940 comenzó con la «U» alcanzando la final del Campeonato de Apertura, en la que cayó derrotada ante Colo-Colo por 2-3.
Luego, en 1979, el club se tituló campeón de la Copa Polla Gol al derrotar en la final a Colo-Colo por 2-1.
[84] Además, en 1980, la «U» fue subcampeón del campeonato nacional y ganó la Liguilla Pre-Libertadores en un partido definitorio nuevamente por 2-1 contra Colo-Colo,[85] con figuras como Hugo Carballo, Manuel Pellegrini, Alberto Quintano, Orlando Mondaca, Jorge Socías, Héctor Hoffens, Sandrino Castec y Arturo Salah, más Fernando Riera como entrenador.
En aquella final de la liguilla, quienes anotaron para los azules fueron Sandrino Castec al minuto 15 y Arturo Salah a los 87'.
En ese duelo, pese a ir cayendo por 0-1, la «U» se repuso, hasta que el juez cobró una falta penal contra Salas que Patricio Mardones (77')[98] convirtió en gol: Universidad de Chile empató 1-1, alcanzó 49 puntos en total y, tras 25 años sin títulos, se adjudicó por octava vez en su historia el campeonato nacional.
[99][100] Quienes jugaron ese histórico encuentro fueron: Sergio Vargas, Cristián Castañeda, Ronald Fuentes, Rogelio Delgado, Fabián Guevara, Patricio Mardones, Luis Musrri (reemplazado por Marcelo Jara a los 60'), Esteban Valencia (sustituido por Víctor Hugo Castañeda a los 72'), Raúl Aredes, Juan Carlos Ibáñez y Marcelo Salas.
[110][111] El plantel se destacó por contar con jugadores formados en la cantera del club, como Rodrigo Tello, Alex Von-Schwedler, Jorge Guzmán y Sebastián Pardo, más valores consolidados como Sergio Vargas, Leonardo Rodríguez, Pedro González (goleador del campeonato, con 24 goles),[56] Cristián Castañeda, Rodrigo Barrera, Rafael Olarra, Ricardo Rojas, Ronald Fuentes, Roberto Rojas, Pablo Galdames, Luis Musrri, Diego Rivarola, Emiliano Rey, Esteban Valencia y Flavio Maestri, entre otros, todos bajo la dirección técnica de César Vaccia.
[156] A él se le sumaron los refuerzos Gustavo Canales, Matías Pérez García, Albert Acevedo, Marcos González, Charles Aránguiz y los arqueros Nery Veloso, que optó por irse a Unión San Felipe,[157] y Johnny Herrera, referente de la hinchada azul que regresó al club en donde se formó como jugador.
Entre las figuras del equipo destacaron Johnny Herrera, Matías Rodríguez, José Rojas, Charles Aránguiz, Felipe Seymour, Guillermo Marino, Eduardo Vargas, Gustavo Canales, Edson Puch, Diego Rivarola, entre otros.
Eduardo Vargas fue elegido como mejor jugador del torneo, además de ser el goleador con 11 goles.
Durante esta instancia, la «U» venció a Peñarol, Atlético Nacional y Godoy Cruz en fase de grupos.
Sin embargo, en semifinales cayó ante Boca Juniors (con una derrota 2-0 en Buenos Aires, y un empate 0-0 en Santiago), quedando eliminado del certamen.
A su llegada se sumó el fichaje de diversos jugadores, donde entre los más destacados estaban Ramón Fernández, Isaac Díaz, y César Cortés.
[166] Posteriormente, el 16 de mayo se concretó la llegada del uruguayo Martín Lasarte a la dirección técnica del club, como asimismo los fichajes de Gustavo Canales, Gonzalo Espinoza, Mathías Corujo, Guzmán Pereira, Cristián Suárez, Benjamín Vidal, entre otros.
Kudelka llegó a la institución en mayo de 2018, cumpliendo una campaña destacada que lo ubicó tercero del torneo nacional.
Por lo mismo, el directorio decidió las incorporaciones de Joaquín Larrivey, Pablo Aránguiz, Luis del Pino Mago, Reinaldo Lenis (segundo semestre), Sebastián Galani, Fernando Cornejo Miranda, entre otros.
[168][169] 2022 igualmente fue un año muy negativo para el club a nivel deportivo, con una campaña que lo hizo pelear en la parte baja de la tabla, estando varias fechas temiendo un posible descenso.
Desde su fundación en 1911, el Internado Football Club constituyó la rama de fútbol del «Club Atlético Internado Barros Arana», hasta que en abril de 1919 fue reorganizado, estableciéndose que no tendría en lo sucesivo relación alguna con el establecimiento cuyo nombre llevaba.
Pese a lo anterior, en 1984, bajo la presidencia de Ambrosio Rodríguez, los sueldos no eran pagados en la fecha estipulada y eso provocaba el malestar entre los jugadores.
Rodríguez no tuvo salida y presentó su renuncia a la «U», siendo reemplazado por el doctor Julio Montt.
[179] Ante esta situación, Lino Díaz amenazó con disolver la Corfuch, lo que hubiese significado la desafiliación del club por parte de la ANFP, sin embargo, la idea fue rechazada ampliamente por hinchas, jugadores y la sindicatura.
Por su parte, Carlos Mondaca, nadador del Club Náutico Universitario de la época, relató cómo se gestó el emblema:
Entre ellos, una encuesta realizada por la Fundación Futuro a 352 personas del Gran Santiago en 1999 lo posicionó segundo con un 30,4 % de las preferencias.
[211] Asimismo, otro estudio hecho por la Fundación Futuro en 2006 a 300 personas del Gran Santiago lo ubicó segundo con un 14 % de las preferencias.
Luis Musrri es a la fecha, el jugador que en más ocasiones ha vestido la camiseta del club, con un total de 539 presencias oficiales entre 1987 y 2004.
Otros jugadores que han sobrepasado la barrera de los 400 partidos son Vladimir Bigorra, Johnny Herrera, Héctor Hoffens, Manuel Pellegrini, Jorge Socías, Leonel Sánchez, José Rojas, y Sergio Vargas.
[56] Mientras que, sumando la totalidad de partidos oficiales disputados en una temporada, la marca recae en Marcelo Salas, quien en 1994 convirtió 41 goles.
Tras ellos Pedro Araya, Rubén Marcos, Luis Musrri, Osvaldo González, Matías Rodríguez y Gustavo Lorenzetti con ocho títulos ganados con la «U».
Lo sigue en partidos disputados y años consecutivos como entrenador Ulises Ramos, quien llegó a dirigir al plantel en cinco oportunidades distintas, siendo su período más destacado aquel comprendido entre 1969 y 1974 en el cual logró un campeonato nacional, además de alcanzar las semifinales de la Copa Libertadores 1970.