En 1972 obtuvo un Master of Science en Ingeniería Industrial, en la Universidad de Míchigan (Estados Unidos).

[1]​ En 1975 junto a otros ingenieros y académicos del área informática como Óscar Barros y Antonio Holgado, crean el Centro de Informática e Ingeniería de Sistemas en Administración, conocido actualmente como Instituto Profesional Ciisa.

En 2006 repostuló al cargo, enfrentándose a Riveros y a Jorge Las Heras Bonetto; Riveros y Pérez obtuvieron un 39 y 37,5% de los sufragios respectivamente, pasando ambos a segunda vuelta,[2]​ votación en la que se impuso Víctor Pérez, quien asumió la rectoría el 14 de junio de ese año.

En 2010 se presentó a la reelección, siendo esta vez sus adversarios Raúl Morales Segura, decano de la Facultad de Ciencias y Jorge Las Heras;[3]​ Pérez pasó a segunda vuelta con Morales, instancia en que resultó ganador con el 52,78% de los votos.

[4]​ Durante el movimiento estudiantil surgido en 2011, fue uno de los miembros del Consejo de Rectores de las Universidades Chilenas (CRUCH) más críticos respecto a las respuestas gubernamentales dadas a las demandas de los estudiantes, lo que incluso le valió la reprobación de algunos ministros por la supuesta influencia que habría tenido Pérez en los demás rectores del CRUCH.