Desde la creación de la universidad en 1843, 31 académicos han sido electos para dicho cargo por el claustro universitario.
Cada puesto en la terna era elegido individualmente; en caso de que no existiera mayoría absoluta en la votación, se realizaba una segunda vuelta con las dos primeras mayorías y el ganador era nombrado en dicha posición de la terna.
Tradicionalmente, el presidente eligió al candidato ubicado en el primer cupo de la terna y que, indirectamente, reflejaba la voluntad del cuerpo académico.
La primera gran excepción a esta tradición fue en 1897, cuando Federico Errázuriz Echaurren decidió no renovar la rectoría de Diego Barros Arana (quien estaba en primera posición de la terna) y nombró al segundo lugar, Osvaldo Rengifo.
El presidente, sin embargo, no reculó y nombró al médico Diego San Cristóbal, quien estaba en tercera posición.
Durante los primeros años, los rectores designados fueron miembros castrenses, inicialmente de la Fuerza Aérea y luego del Ejército.