Fue hijo del historiador Miguel Luis Amunátegui Aldunate y de Rosa Solar Valdés.
Durante su gestión se abrió el Gabinete de Kinesiterapia; se organizó el Instituto de Educación Física y Técnica que pasó a depender del Consejo; se endurecieron los requisitos de incorporación a la Escuela de Obstetricia.
Fundó el Liceo José Victorino Lastarria en 1913.
Estuvo casado con Ana Lecaros Barros, con quien tuvo, entre otros, a Ximena Amunátegui, la célebre musa de los poetas Vicente Huidobro y Godofredo Iommi, contrayendo matrimonio con ambos.
Su hermano Gregorio Amunátegui Solar fue médico y también rector de la Universidad de Chile.