Miembro de la destacada familia Amunátegui, fue hijo de Miguel Luis Amunátegui.
[1] Estudió medicina en la Universidad de Chile, titulándose en 1886, y fue catedrático del curso de Medicina Legal.
[2] Durante la Guerra Civil de 1891, fue cirujano mayor del Ejército revolucionario.
[2] Producto de la crisis política que vivía el gobierno de Arturo Alessandri, Gregorio Amunátegui fue convocado a formar parte del gabinete tras el llamado Ruido de sables.
Amunátegui permaneció en el cargo algunas semanas más, bajo el régimen de Luis Altamirano.