Fue hijo del también político Gregorio Amunátegui Solar y Ana Luisa Jordán Swinburn.
En febrero de 1940 participó de la elección complementaria al Senado, para llenar la vacante dejada por el Cristóbal Sáenz Cerda, quien asumiera como ministro de Relaciones Exteriores y Comercio, sin embargo, fue derrotado por el radical Rudecindo Ortega Mason quien obtuvo 22.619 contra 18.564 votos que logró Amunátegui.
Electo Senador por la 8.ª agrupación provincial de Biobío, Malleco y Cautín (1941-1949).
En agosto de 1964 renunció a su colectividad, aunque al interior del partido se hablaba de expulsión, ya que terminó apoyando la campaña presidencial del socialista Salvador Allende.
En 1969 se integró en el Movimiento Independiente Alessandrista para apoyar a Jorge Alessandri Rodríguez.