Como presidente, Montt buscó infructuosamente el regreso al sistema de patrón oro y poner fin a las emisiones monetarias.

El presidente no alcanzó a verlo terminado, pues falleció antes de concluir su periodo presidencial.

[2]​ En esos años realizó un viaje a Europa, recorriendo Inglaterra, Francia, Escocia, Irlanda, Países Bajos, Dinamarca, Suecia, Noruega, Rusia, Austria, Portugal, España y Turquía.

Durante su trayecto recolectó estudios sobre educación, régimen parlamentario, estadística, reforma penal y escuelas agrícolas.

Intentó realizar gestiones conciliatoria, pero estas fracasaron, por lo que declaró cerrado el debate, ante las estruendosas protestas de la minoría.

[5]​ En 1886 integró el primer gabinete del presidente José Manuel Balmaceda como ministro de Justicia e Instrucción Pública.

[2]​ A pesar de ser un decidido defensor del sistema parlamentario, realizó severas críticas al régimen.

Al respecto advertía: “Todo sistema de Gobierno tiene inconvenientes que es menester corregir conservando sus ventajas.

[14]​ Ya en la presidencia, sus cartas privadas reflejan una profunda decepción por los vicios del sistema parlamentario y su desengaño por no medir las verdaderas posibilidades que el cargo le otorgaba.

[15]​ Montt tuvo el deseo de iniciar su gobierno con los partidos que lo elevaron a la presidencia, liberales doctrinarios, nacionales, montanas y radicales, confiando la organización de su primer ministerio a Ismael Valdés Vergara.

La elección del conservador Raimundo Larraín Covarrubias como consejero de Estado provocó la primera crisis ministerial.

[17]​ Ansiaba la estabilidad ministerial y sabía imposible conseguirla confiando en el Partido Liberal Democrático.

Así obligarían al mandatario a gobernar con sus rivales políticos, lo que en la jerga de la época se denominaba como “embotellar”.

[25]​ Al igual que la mayoría de los gobiernos durante el parlamentarismo, este evitaba entrometerse en las negociaciones salariales entre empleadores y trabajadores.

Sin embargo, cualquier manifestación pública que estuviese acompañada de protestas era duramente reprimida.

Por ello el ministerio encontró una fría reacción en las cámaras y tuvo una actuación estéril, no pudiendo aprobar la ley de presupuestos.

[29]​ El 15 de septiembre asumió un nuevo ministerio con Ismael Tocornal en Interior, continuando Edwards en Hacienda.

Durante este periodo se agravó la enfermedad del presidente, que las continuas contrariedades políticas aceleraban.

Estos convencieron a la directiva liberal para que reclamase la reorganización del gabinete, sobre la base de tener dos carteras.

Más, Sanfuentes no cumplió su palabra y el 20 de junio Agustín Edwards organizó un nuevo gabinete.

[33]​ Durante su carrera política había sido permanente pacifista, apoyando sin ambages los Pactos de Mayo firmados por el presidente Riesco.

[35]​ Tampoco existieron conflictos con Bolivia, en vista de que aún se estaba construyendo el Ferrocarril Arica-La Paz.

En 1908 el ministro chileno en Lima, José Miguel Echeñique, producto de un desaire, regresó airado a Chile.

Poco después se declaró persona non grata al cónsul chileno en El Callao.

[39]​ Las relaciones con los Estados Unidos habían mejorado hasta que este país apoyó en 1909 la reclamación de Alsop y Cia, por una deuda originada en la Guerra del Pacífico.

[44]​ Montt se propuso vetar la ley, pero sus ministros le dijeron que lo seguirían y presentaron sus renuncias.

[50]​ Durante el gobierno de Montt se aumentó la deuda externa en un 19%, alcanzando a 25.000.000 libras esterlinas.

[54]​ Montt estaba enfermo de arteriosclerosis y arritmia cardíaca, enfermedades que cada día se iban agravando.

Su secretario privado, al notar que no volvía después de mucho tiempo, se levantó a buscarle.

[cita requerida] Sus restos fueron llevados a Chile, donde se celebraron sus funerales en febrero de 1911, donde asistió una multitud para darle un último adiós.