El contrato lo ligaba por cuatro temporadas al club azul, durante su estadía se convirtió en el creador del equipo, gracias a sus habilidades y rapidez que le convirtieron convertirse rápidamente en figura de los azules que le permitieron jugar regularmente junto al máximo anotador de la Selección de fútbol de Chile (en ese entonces), ex Juventus y Lazio el centro delantero, Marcelo Salas.Luego de decepcionantes actuaciones y problemas con las lesiones, GNK Dinamo Zagreb cedió a Morales a la Club Universidad de Chile por todo el 2012,[2] siendo presentando el 20 de enero junto a las otras incorporaciones azules Raúl Ruidíaz, Paulo Garcés, Eduardo Morante, Roberto Cereceda, Emilio Hernández y Junior Fernandes y el mismo Morales siendo presentando con la dorsal N° 10.Recuperó su mejor forma en Chile, ayudando a la "U" a conquistar el Apertura 2012 en la final tras definición a penales contra O'Higgins ganando los azules por 3-0 con gran actuación de Johnny Herrera (atajó tres penales) y de pasó lograr el primer el tricampeonato de su historia.Jugó sólo 6 partidos por el Torneo de Clausura y no anotó, mientras que la Copa Chile jugó 5 encuentros anotando en 5 ocasiones y no vio acción en los torneos internacional ni en la segunda fase de la Copa Libertadores, ni Copa Sudamericana 2012 ni tampoco la Copa Suruga Bank 2012 ante Kashima Antlers y eso lo llevó a otro préstamo, esta vez de regreso a Europa donde se unió al Málaga CF.[13] Su primer partido como titular fue el 12 de febrero por la segunda fecha del Clausura 2017 ante Audax Italiano jugando como volante creativo "alimentando" a Andrés Vilches y Esteban Paredes, en dicho encuentro los albos golearon de local por 4-0 y Morales participó en el primer gol al asistir a Esteban Paredes para que definiera de globito sobre Nicolás Peric, salió al 60' por Ramón Fernández bajó una ovación.El 20 de mayo se jugó la última fecha del Torneo de Clausura, Colo-Colo se jugaba su última chance al título tras igualar a un tanto ante Antofagasta en la fecha anterior y la "U" (nuevo líder) golear por 3-0 O'Higgins en Rancagua, finalmente vencieron 3-1 al descendido Cobresal en La Serena,[16] pero de nada les sirvió ya que la U venció por la cuenta mínima a San Luis de Quillota en el Estadio Nacional Julio Martínez Pradanos con solitario gol de Felipe Mora y así se coronaron campeones del torneo.Su estancia en Colo-Colo estuvo marcara por los buenos partidos, irregularidad y constantes lesiones que nunca le permitieron ganarse la confianza de Pablo Guede ni tampoco un puesto de titular (Nunca jugó un partido entero los 90 minutos).Después del Clausura, Morales quedó libre pero aun así se le dio el permiso de poder entrenar junto al plantel (Sin contrato) mientras buscaba club, tras seis meses,[18] a finales de 2017 estuvo en los planes de Guede para el Campeonato nacional 2018 y Copa Libertadores 2018 pero finalmente el club no le ofreció un contrato y Morales tuvo que buscar club.En enero de 2020 se anunció que su contrato no fue renovado, quedando libre, por lo que en actualidad se dedica a negocios en el área inmobiliaria en Concepción, esperando alguna oferta para seguir su carrera.Marcelo Bielsa lo citó para el Torneo Esperanzas de Toulon, jugado en mayo de 2008, certamen donde anotó dos goles, uno a Japón y otro a Costa de Marfil, siendo elegido como segundo mejor jugador y obteniendo el premio al mejor gol del certamen con conquista frente al combinado africano.Finalmente, el día 7 de junio jugó 76 minutos ante Panamá en Valparaíso, duelo que finalizó en una igualdad sin goles.[25][26] En ambos duelos, fue titular en el mediocampo chileno, aportando para que Chile obtuviera seis puntos en condición de visita, tras conseguir dos importantes victorias.Sin embargo, durante el mismo año disputó seis encuentros amistosos, anotando su primer gol a nivel absoluto el 5 de mayo ante Trinidad Y Tobago a los 2 minutos de juego.
Pedro Morales jugando por
Dinamo Zagreb
en 2010, además este fue su primer club en el extranjero
