Ante ello no encontró nada mejor que partir a Universidad de Chile dos años después, donde se volvió a encontrar con Álamos.
Después estuvo 6 meses en Cruz Azul de México, donde pasó sin pena ni gloria.
En 2014 Hernández gana su primer y único título con Colo Colo, el Clausura 2014 donde nunca pudo ganarse la confianza del técnico Héctor Tapia, jugó apenas 4 partidos, 1 de titular y los otros 3 ingresando en los últimos minutos.
[6][7] Tras 6 meses en Argentina, decide volver a Chile, y en el límite del cierre de pases, ficha en el Deportes Pintana, que milita en la Segunda División Profesional, tercera categoría del fútbol chileno.
[10] En el 2008 fue citado por Marcelo Bielsa para jugar un amistoso internacional en Los Ángeles contra México para ser el conductor del equipo, fue tal su actuación en aquel partido que después de unas semanas se encontraba en la nómina del seleccionador nacional para disputar la novena y décima fecha de las eliminatorias mundialistas para Sudáfrica 2010 En enero de 2010 es nuevamente convocado por Bielsa para realizar la pretemporada con la selección chilena, y participa del triunfo por 2-1 en el amistoso frente a Panamá, cumpliendo un buen cometido, creando ocasiones por ambos extremos del ataque.