Además en la Copa Sudamericana 2011 (instancia donde mantiene el récord histórico de imbatibilidad, con solo 2 goles en contra en 12 partidos).

Pese a la saudade que le generaba vivir alejado de su familia, Herrera destacó en las inferiores del cuadro azul.

Para el año 2003 se consagraría como titular definitivo en la "U" tras la salida de Vargas (arquero emblema que estuvo 10 años atajando en el chuncho).

[16]​ Además Johnny Herrera fue una de las grandes figuras del torneo, con atajadas inolvidables para el hincha azul.

[26]​ En su primer paso por la "U" jugó 138 duelos levantando cuatro títulos: tres ligas nacionales y una Copa Chile.

[27]​ Pero en el Clásico contra el equipo de São Paulo, Herrera cometió un error que le costó la derrota por 2-1 al Timao.

Ahí se enfrentaría al actual Tetracampeón del fútbol chileno Colo Colo en una final a dos partidos, la ida se jugó el 28 de mayo en el Estadio Monumental donde los "albos" ganarían por dos tantos a cero con goles de Lucas Barrios y Gonzalo Fierro.

Sellarían la remontada al minuto 75 luego de que Riveros enviará un nuevo tiro libre al área pero esta vez Miralles cabeceo tras saltar Más que todos en el área y poner el 3-0 final y así Everton de Viña del Mar se coronaba campeón del fútbol chileno por primera desde 1976,[37]​ bajando su cuarta y de paso amargandole la fiesta a Colo-Colo, también clasificándose para la Copa Libertadores 2009.

[38]​[39]​ Este también fue el último partido de Herrera en Everton, ya que días después se desvincularía del club debido a su mala relación con el DT Nelson Acosta.

Luego el 8 de octubre por la Copa Chile se enfrentó a la Universidad Católica y los itálicos darían la sorpresa eliminándola del torneo por un contundente 3-0.

[41]​ Dos semanas después jugaron contra Santiago Wanderers lo el mismo torneo igualaron 2-2 y en penales el "decano" ganó por 4 a 3.

[45]​ Para el Torneo Nacional 2010 lograrían otra buena campaña bajo el mando de Omar Labruna los "italiacos" culminaron en el tercer lugar del torneo logrando 65 puntos en 34 jornadas, siendo superados solo por Colo Colo (71 pts) y la Universidad Católica (74 pts).

Solo a los seis minutos del segundo tiempo Canales generó un nuevo penal tras encarar a Enzo Roco que ante tanto amague no le quedó otra que bajarlo, el mismo Canales marcaría nuevamente de penal su segundo personal de la noche, la "U" concretó la remontada al minuto 55 de encuentro luego que Edson Puch sacará un centro por la izquierda y cuando aparecía Christopher Toselli, Canales se anticipó y marcó el 4-1 definitivo bajando así su 14° estrella.

En los cuartos de final se enfrentó a la Unión Española, pasarían su llave con suma facilidad al ganar por 4-0 el global.

[72]​[73]​ Herrera sería nuevamente pieza clave en este título azul al jugar 23 encuentros de 25 partidos (sumando la definición Pre Sudamericana).

[74]​ Su rendimiento tanto a nivel nacional e internacional le significó ser elegido el arquero del Equipo Ideal de América de ese año[75]​ y también elegido ese mismo año como el 14.º mejor arquero del mundo por IFFHS.

[82]​ Mientras tanto en el Apertura 2012 la "U" terminó en el primer lugar de la tabla general por tercer torneo consecutivo logrando 40 puntos, sacándole cinco a los sublíderes O'Higgins y Deportes Iquique.

El rival en la final del Apertura sería O'Higgins de Rancagua que por primera vez en su historia llegaría a una final por el título mayor del fútbol chileno, mientras que la U le faltaba solo un pasito para completar un inédito tricampeonato.

La ida se jugó en el Estadio El Teniente disputándose en una cancha muy pesada, debido a la persistente lluvia que cayó ese día antes y durante el desarrollo del partido que terminó 2-1 a favor del conjunto de Rancagua.

[88]​[89]​ Haciendo un resumen del primer semestre de los azules, Herrera fue pieza fundamental tanto en la Copa Libertadores 2012 como en el Torneo de Apertura 2012 llegando a semifinales y siendo campeón respectivamente, en el primero jugó los 12 encuentros en la campaña azul en la copa siendo el héroe en el pase a semis contra Libertad y en el segundo jugó 22 encuentros además fue el héroe en los lanzamientos penales contra O'Higgins que les dio el título.

Mientras que en el Torneo de Transición terminaron en el quinto lugar con 30 puntos a ocho del campeón la Unión Española.

[100]​ Cabe mencionar que Herrera entró en la historia del fútbol chileno al ser el primer arquero en anotar de penal en una competición internacional (Copa Libertadores 2014).

En su reemplazo llegaron Víctor Hugo Castañeda y Luis Musrri como dupla técnica, los cuales alcanzaron a estar solo hasta el final del Torneo de Apertura 2016, principalmente por no lograr clasificar en cancha al equipo a un torneo internacional algo que generó críticas de Johnny Herrera hacía ambos DT y una fuerte disputa con el presidente del club Carlos Heller que casi lo hace tomar la decisión de dejar el club.

[125]​ El conjunto azul terminó en el tercer lugar del Torneo de Transición 2017 tras un triunfo por la cuenta mínima sobre Deportes Iquique, mientras que por la Copa Chile 2017 serían subcampeones tras perder por 3-1 frente a Santiago Wanderers en el Estadio Alcaldesa Ester Roa Rebolledo de Concepción.

[130]​ Una vez anunciado su retiro, Herrera fue contratado por el canal de televisión TNT Sports para trabajar como comentarista en los programas Todos somos técnicos y Pasaporte Qatar.

[131]​ Herrera fue criado en Angol por su madre, Gladys Muñoz Pacheco, quien fue fundamental en el desarrollo de su carrera como futbolista.

[146]​ Su primer llamado a la selección adulta fue en 2002, y debutó por la selección el 17 de abril, en un encuentro amistoso como visitante versus Turquía (0-2), tres años después volvería a jugar un duelo amistoso por Chile en la caída por 3-0 de visita contra Perú.

[158]​ En esa copa, Chile fue subcampeón luego de ser derrotado por 1-0 frente a Alemania en la final.

[160]​ Luego el 10 de noviembre del mismo año, fue puesto en la cancha contra Colombia en Barranquilla, en el minuto 63, donde reemplazó al arquero lesionado Bravo, teniendo un gran partido, dejando el marcador 0-0 y tapándole un disparo a James Rodríguez.

Jugó dos partidos por las Clasificatorias a Rusia 2018, estando 117 minutos en cancha y siempre siendo el segundo arquero detrás de Claudio Bravo.