[2]​También mantiene una importante rivalidad deportiva con Cerro Porteño y en menor medida con el Sportivo Luqueño.

En 1996 se alzó con el Torneo Apertura, convirtiéndose así en el primer ganador semestral, aunque luego cayó en la final del campeonato anual.

Al club se lo conoce también como 'El Aborigen" (por el indio), "El Cacique", "El Legendario" (antiguo) y "Entidad de Dos Bocas".

[cita requerida] Guaraní ganó invicto el Primer Campeonato Oficial del Fútbol Paraguayo en 1906, logrando 18 de los 20 puntos posibles, con 32 goles a favor y solo 2 en contra.

Los equipos participantes fueron Guaraní, Olimpia, Libertad, Nacional, General Díaz y 14 de mayo.

José Segundo Decoud, Enrique Solano López, Dr. Benjamín Aceval, Dr. Eusebio Ayala, Mo.

[cita requerida] En el año 1906 se produce la primera visita de un equipo extranjero al Paraguay.

Además de un hecho raro por aquella época, la prestigiosa marca Adidas, por primera vez en suelo guaraní, tenía auspiciado a un equipo bajo su renombre internacional.

): Arriba: Raimundo Aguilera, Sergio Rojas, Juan Martínez, Alcides Sosa, Rodolfo Patiño, Luis Ivaldi y Pastor Ortiz.

Cuclillas: Alcibiades Francia, Ernesto Juárez, José Villamayor, Juan Graciano González, Lorenzo Villagra y Roberto Schettina.

El DT fue el ‘‘Chema’’ Rodríguez, uruguayo, al igual que Ondino Viera, conductor de la campaña del ’64.

Fue repetido embajador en las Copas Libertadores de aquellos años, llegando a las semifinales en 1966 (es decir, entre los 7 mejores).

En 1968, se convirtió en el primer club del Paraguay en realizar una gira por Europa, en las que visitó España y Alemania.

Vale decir que en siete campeonatos consecutivos, solo una vez el equipo no apareció entre los dos primeros.

): Arriba: Raimundo Aguilera, Odilio Monges, Vicente Bobadilla, Flaminio Sosa, Sergio Rojas y Luis Ivaldi.

Abajo: Aurelio Martínez, Alcides Sosa, Felipe Santiago Ocampos, Dionisio Arsenio Valdez y Víctor Domingo Juárez.

En 1984 ganó su noveno campeonato en la primera categoría del balompié paraguayo terminando con la hegemonía impuesta por el Olimpia de seis años consecutivos (1978 a 1983).

En ese año, se destacó el mediocampista Hugo Ovelar, que también jugó por el seleccionado paraguayo.

En ese mismo año, participa también de la Copa Nissan Sudamericana, aunque no pudo pasar a la otra etapa quedando eliminado.

Algunos de los jugadores más sobresalientes de la campaña fueron Jonathan Fabbro, Rodrigo Teixeira (máximo goleador), Pablo Aurrecochea, Elvis Marecos, César Cáceres Cañete, Eduardo Filippini, Ángel Ortiz, Julián Benítez, Hugo Notario, Hernán Hechalar , entre otros.

En la última fecha (22) tuvo un polémico juego contra Olimpia, en el primer tiempo el conjunto Legendario marcó un gol (Rodrigo López), el cual fue mal anulado por el línea, ya que no existió la posición adelantada.

Unos minutos más tarde, de tiro de esquina el Piru Contrera (Guaraní) metió un disparo olímpico, la pelota aparentemente ingresó y el arquero Diego Barreto (Olimpia) lo sacó, los jugadores del conjunto aborigen protestaron pero el juez del encuentro lo invalidó.

Subcampeonatos en la Primera División (2020-2021) En el Torneo Clausura 2020, fue disputado en una edición especial, debido a la Pandemia de COVID-19.

Al año siguiente, en el Torneo Clausura 2021, tuvo una espléndida campaña que lo dejó por mucho tiempo en el 1.º puesto.

Malas campañas (2022-presente) El "aborigen" casi no tuvo buena actuaciones en los torneos nacionales e internacionales del año 2022.

Este proyecto se llevará a cabo gracias al dinero aportado por los socios del club y también gracias al apoyo de la Conmebol, quien otorgó un préstamo de 2.500.000 USD para su realización.

En la edición 2020, se convirtió en el primer equipo en Sudamérica en llegar a octavos de final iniciando en la Fase 1.