Su estadía en Avellaneda duraría hasta mayo del 2000 cuando presentó su renuncia al cargo luego de una mala campaña.

En este equipo hizo una buena campaña en ese año, pero por problemas con el Sindicato de Futbolistas del Perú, su equipo no pudo terminarla y quedó con el sinsabor de no celebrar su campeonato en la cancha.

[4]​ Luego de este bicampeonato, Costas viajó a Paraguay buscando su consagración como entrenador para entrenar al Cerro Porteño, equipo en el que consiguió el Torneo Apertura 2005 y los Torneos Clausura en los años 2005 y 2006, además del Campeonato Anual del 2005.

Fue campeón nacional paraguayo en el año 2005 y perdió la final del año 2006 frente al Libertad dirigido por Gerardo Martino., luego fue despedido, por no conseguir un título internacional, debido a que el equipo paraguayo ansiaba una Copa Libertadores o la Sudamericana.

[7]​ Fue contratado para dirigir nuevamente a Alianza Lima en la temporada 2009, con el que fue subcampeón; perdió la final del torneo peruano con el Universitario de Deportes.

[13]​ En la segunda etapa del campeonato ecuatoriano de fútbol 2012, Barcelona volvió a ganar en puntos y se coronó campeón sin jugar final.

Así igualó la marca del entrenador portugués José Mourinho, salir campeón en cuatro países diferentes: en 2003 con Alianza Lima (Perú), en 2005 con Cerro Porteño (Paraguay), en 2012 con Barcelona Sporting Club (Ecuador) y en 2014 con Independiente Santa Fe (Colombia).

Mourinho, por su parte, fue campeón dirigiendo al Porto (Portugal), Chelsea (Inglaterra), Inter de Milán (Italia) y Real Madrid (España).

[17]​ Su llegada marcó un regreso a la institución en la que se formó como jugador y entrenador.

En su presentación oficial, Costas expresó su compromiso con el club y destacó que su decisión de asumir el cargo no estuvo motivada por lo económico.

[25]​[26]​[27]​[28]​ Desde sus primeras declaraciones, Costas manifestó su intención de conquistar un título internacional, un objetivo que Racing no lograba desde su etapa como futbolista en el club.

Con esta decisión, Racing mejoró su rendimiento, logrando victorias contundentes y consiguiendo un triunfo en el clásico de Avellaneda.

Además, hubo cuestionamientos por la prioridad otorgada a la Copa Sudamericana en detrimento del campeonato local.

Posteriormente, adoptó un esquema 3-4-1-2, incorporando la figura del enganche, posición que fue ocupada generalmente por Juan Fernando Quintero.