Bajo su conducción técnica, Lanús finalizó la temporada 2008/2009 como el mejor equipo, con un total de 75 puntos.
Tras la discusión, al día siguiente Luis Zubeldía brindó una rueda de prensa anunciando su renuncia indeclinable al Barcelona, en la que declaró: Su reemplazante fue su compatriota Gustavo Costas.
A fines del 2012 Barcelona se coronó Campeón Ecuatoriano luego de casi 15 años, siendo Zubeldía reconocido por su rol en el armado del equipo que logró el campeonato.
[5] El conjunto dirigido por Zubeldía logró llegar a la final de la Copa Argentina 2011-12, luego de que su equipo venciera por penales a River Plate, siendo Saja la gran figura.
Gracias a estas dos campañas, su equipo termina siendo el más destacado de las últimas 12 temporadas.
El comienzo de la temporada 2014 tuvo como saldo positivo la participación de varios jugadores jóvenes en el plantel profesional como Luis Cangá, Jefferson Intriago, Hancel Batalla y José Cevallos.
[10][11] El 28 de noviembre de 2015 se anunció su llegada a Santos Laguna, durante la etapa final del torneo ecuatoriano con Liga de Quito, lo cual trajo molestias en jugadores, dirigentes e hinchas, pues el equipo podía ser campeón sin necesidad de jugar la final ida y vuelta contra Emelec, sin embargo, en los últimos partidos no se obtuvieron buenos resultados y Liga de Quito no pudo consagrarse campeón y, al contrario, perdió las finales contra el club guayaquileño.
Durante el período de preparación en los Estados Unidos, Santos logra obtener la Copa Socio Mx, ganándole en un triangular a Pumas y después al Cruz Azul.
[16] El 17 de junio de 2017 se hizo oficial su llegada a España como nuevo entrenador del Deportivo Alavés, firmando por una sola temporada para sustituir al también argentino Mauricio Pellegrino.
Llegó a la final de la Copa Sudamericana 2020 cayendo ante Defensa y Justicia por 0-3.
[21] En diciembre de 2021 anunció su salida del club al finalizar la Liga Profesional 2021, en la que el equipo terminó en el décimo puesto y clasificado a la Copa Sudamericana 2022.