Dedicado a entrenar categorías inferiores en Cataluña, en 2003 comenzó a trabajar como observador de jugadores y analista de rivales para el filial del F.C.

En paralelo, Jubero se desempeñaba como profesor de escuela primaria.

[1]​ En 2008 fue contratado por la Aspire Academy de Catar, en la cual trabajó en varios países del mundo (Kenia, Tanzania, Uganda, Camerún, Costa de Marfil, Mali, Ghana, Senegal, Nigeria, Paraguay, Costa Rica, Guatemala, Vietnam,[2]​ buscando nuevos talentos.

Sin embargo, dicho rendimiento no se vio reflejado en forma de campeonato, de esta forma conseguía el vicecampeonato del Torneo Apertura 2016 por tercera vez en su carrera.

[8]​ El 19 de noviembre puso su cargo a disposición del club donde al día siguiente, la comisión directiva del club informó que no seguiría, poniendo fin al ciclo en Olimpia.

Para el segundo semestre del 2017, Llegó a las semifinales de la Copa Sudamericana donde dejó en el camino a Club Huracán, Independiente Santa Fe y Racing Club cayó ante el campeón del Torneo Club Atlético Independiente por un global de 3-2, Libertad ganó sus cuatro partidos de local con la valla invicta.

El español Fernando Jubero fue presentado el 22 de agosto de 2018 como nuevo entrenador del Cerro Porteño paraguayo en sustitución del argentino Luis Zubeldía.