[1]​ Luego de unos años decidió dejar la práctica y estudiar para convertirse en técnico.

Su primera oportunidad profesional como DT llegó en la década de 2000, cuando fue contratado por el Club Renato Cesarini para que dirigiera las categorías juveniles en 1999 y 2000.

[1]​ A fines de 2002, Claudio Vivas, quien fue asistente de Marcelo Bielsa cuando dirigía la selección argentina, presentó a Jorge Sampaoli y Beccacece en una reunión —entonces, Sampaoli dirigía Sport Boys y estaba buscando un ayudante—.

Debido a su lealtad con Sampaoli, Beccacece rechazó la oferta y se mantuvo como su asistente en Emelec.

Luego de eso siguieron el torneo Clausura 2011 y la Copa Sudamericana —tres torneos en un año—, algo inédito tanto para el club como para Chile, ya que nunca un club chileno había logrado obtener tres títulos en un año.

En el Torneo Clausura 2011, la U ganó los nueve primeros partidos del torneo, superando al Ballet Azul (que ganó los siete primeros del año 1964), siendo invictos hasta la vuelta de la semifinal de los play-offs, perdiendo 2-1 como local frente a Universidad Católica, aunque aun así clasificó a la final del torneo (ganaron 2-1 en la ida) por empatar 3-3 en el marcador global y clasificar por estar mejor posicionado en la fase regular.

Posteriormente, también con la selección de Chile, logró la Copa América 2015, siendo campeón de dicho torneo al derrotar en la final a su país natal, Argentina, en los tiros desde el punto penal por 4-1.

[11]​ Después de la gran victoria, sin embargo, el equipo cosechó tres empates y una derrota ante Palestino (2-1).

[15]​ Por último, Beccacece terminó en el 10.º lugar del torneo con tres victorias, siete empates y cinco derrotas y su continuidad fue fuertemente cuestionada durante el tiempo de para de fútbol que hubo debido a la Copa América Centenario.

Beccacece también llegaba con la difícil tarea de repuntar al equipo para asentarlo definitivamente en la categoría, que en el entonces corriente torneo marchaba vigésimo-quinto.

Defensa y Justicia, con Beccacece en el banco, resumió su actividad en enero de 2017 con una goleada 4 a 0 sobre All Boys.

El invicto se mantuvo, con victorias frente a Guayaquil City de Ecuador (2-1), Vélez (3-2), Gimnasia y Esgrima La Plata (1-0), Tigre (1-0), Lanús (2-0), pero que se cortó con una derrota ante Ferro (1-3), seguido de un empate 2-2 con Arsenal.

Defensa disputó su primer encuentro oficial el 11 de marzo contra Newell's, al que le ganó por 1-0, pero en las próximas fechas sufrió dos caídas consecutivas ante Huracán (0-2), y Boca Juniors (0-1), respectivamente.

Tras marcharse del club con una gran imagen entre los simpatizantes de Defensa y Justicia, fue reemplazado por Nelson Vivas.

Logró importantes triunfos de visitantes contra Independiente, Rosario Central y Godoy Cruz, Defensa y Justicia se fue acomodando de a poco en el campeonato.

En la reanudación del partido, Defensa y Justicia continuó su buen andar en la Superliga, ganádole a River 1-0 en el Monumental y sobre la hora a equipos como San Lorenzo de Almagro (1-0), Banfield (3-2 con 3 goles de Uvita Fernández), Argentinos Juniors (2-1 dándo vuelta el resultado a 5 segundos del final) y a Aldosivi (2-1 con gol de Matías Rojas) que lograron posicionarlo como líder compartido con Racing por 2 semanas seguidas.

En la fecha 24, empató sobre la hora con Unión de Santa Fe, con el gol del paraguayo Rojas, pero no le fue suficiente ya que Racing había empatado ante Tigre y le sacó 4 puntos de diferencia sobre los 3 que quedaban en juego.

[31]​[32]​ Dirigió a Independiente en 16 oportunidades con 8 triunfos, 1 empate y 7 derrotas mostrando un juego irregular contrario a las expectativas que había mostrado su anterior temporada con Defensa y Justicia.

En el clásico contra San Lorenzo de Almagro, Racing volvió a la victoria en un gran partido (gol de Mauricio Martínez) saliendo victorioso 1-0 en el Nuevo Gasómetro.

[44]​[45]​[46]​ El Racing de Beccacece terminó la Superliga Argentina en cuarta posición con 39 puntos.

[68]​[69]​ El andar del equipo fue pésimo, perdió ambos partidos frente Atlético Tucumán (4-1 en Avellaneda,[70]​ 2-0 en Tucumán[71]​[72]​), Arsenal de Sarandí (2-0 en Avellaneda[73]​ y 1-0 en Sarandí[74]​), y con Unión (2-0 en Santa Fe),[75]​[76]​ su único triunfo fue en Avellaneda (1-0)[77]​ con el equipo santafesino,[78]​ quedando último en el grupo y relegado a jugar la fase complementación del torneo.

Defensa y Justicia conquistó la Recopa, siendo este el primer título oficial como entrenador.