A nivel local, se consagró campeón de la Primera División Argentina con Arsenal y Boca Juniors.
Jugó un Torneo Regional con el Club Atlético Villa Alvear, equipo de Resistencia, Chaco.
Volvió luego, en 2010, a Arsenal, tras un paso por el Al-Ahli de Arabia Saudita.
En su primer año consiguió el ascenso a la máxima categoría del fútbol argentino.
En la B Nacional Alfaro dirigió a Quilmes en 40 partidos, ganando 18, empatando 14 y perdiendo 8.
En la segunda temporada con Alfaro al mando, Quilmes tuvo un rendimiento más discreto.
[3] En total, en Primera División, Gustavo Alfaro dirigió a Quilmes en 71 partidos, con 26 victorias, 22 empates y 23 derrotas.
En el total de esta segunda etapa, incluyendo la B Nacional, fueron 111 partidos dirigidos, con 44 victorias, 36 empates y 31 derrotas.
También se destacó el esfuerzo económico realizado para asegurar la continuidad de Ezequiel Lavezzi, adquiriendo su pase.
Así las cosas, se crearon grandes expectativas, pero luego de un comienzo muy prometedor la campaña terminaría siendo mediocre, alcanzando apenas 28 puntos y sufriendo goleadas históricas ante River (1-5), Banfield (0-5) y Colón (1-4).
Esta última caída sería especialmente significativa, ya que fue la primera victoria de Colón en el Estadio Pedro Bidegain y su primer triunfo ante San Lorenzo fuera de casa en 27 años.
En San Lorenzo, Gustavo Alfaro totalizó 22 partidos dirigidos, ganando su equipo ocho, empatando cinco y perdiendo nueve.
Como corolario a su permeabilidad defensiva, San Lorenzo recibió, mientras lo dirigió Alfaro, 43 goles en contra, una media de casi dos por partido.
En 2006, fue contratado por Arsenal de Sarandí,[8]donde realizó la mejor campaña en la historia del club en primera división, clasificándolo a la Copa Sudamericana y, por primera vez en la historia del club, a la Copa Libertadores.
Al final de la temporada no renovó contrato con el club y se alejó por unos años del mismo.
En torneos internacionales solo disputaría el repechaje de la Sudamericana 2015 y la liguilla Pre-Sudamericana 2016.
Cerró su ciclo al perder con Colon 4-1, quedando fuera de ingresar a la Copa Sudamericana 2016.
[22] En 2016, Alfaro es contratado como entrenador del Club de Gimnasia y Esgrima La Plata.
[40] Ya afuera de la Libertadores, al club sólo le quedaba el torneo local.
[42] Debutó en las Eliminatorias Sudamericanas hacia Catar 2022, el 8 de septiembre ante Argentina en Buenos Aires, finalizando con derrota 1-0.
Cerró la eliminatoria en la cuarta posición, con 26 puntos, logrando la clasificación al Mundial Catar 2022.
Disputó la Copa América 2021, llegando a cuartos de final, cayendo derrotado 3-0 nuevamente ante Argentina.