No obstante, siempre sería el eterno suplente de Miguel Marín, la gran figura en el marco albiceleste y por tanto, sus participaciones como jugador en activo fueron escasas.

El torneo siguiente entraría como relevo para salvar del descenso al Morelia, objetivo que consiguió.

Después de haber perdido esta final, deja el cargo y pone un anuncio en un periódico solicitando trabajo como entrenador.

Este gran paso con el Toluca lo catapultó a la Selección de México, la cual tomaría en el año 2000.

Pero la directiva de los Tuzos lo sostuvo en el cargo, el equipo se recuperó y al final terminó ganando la Copa Sudamericana 2006 al Colo-Colo el miércoles 13 de diciembre del año 2006 y llegó a semifinales en el torneo local.

Posteriormente, se llegó al acuerdo que Efraín Flores dirigiera los tres juegos restantes en el 2010, mientras se anunciaba al nuevo entrenador azteca, que a la postre resultó ser José Manuel de la Torre.

Tras no renovar con Cruz Azul, en el Apertura 2012 inicia otra temporada con el Deportivo Toluca, con el cual logra el superliderato y llega hasta la final, aunque pierde contra el Club Tijuana.

Debido a los malos resultados y dejar al club en una escena algo más complicada de cuando llegó, la directiva de Morelia anuncia su destitución en 2016, quedando Pablo Marini al cargo del equipo.

Tras la renuncia de José Saturnino Cardozo como entrenador del Club Puebla, en 2017 la directiva de La Franja anuncia su contratación para cumplir los objetivos trazados de poder salvar el descenso y tener a un equipo competitivo, algo que a su llegada fue bien visto por los aficionados y directivos del equipo gracias a la amplia experiencia del entrenador.