Los hermanos Héctor y Julio Humberto Grondona (expresidente de la AFA) fundaron el club junto a otros amigos, entre los cuales estaban: Roberto Estévez, Manuel Andrea, Horacio Montero, Orlando Acosta, Juan Carlos Urtasún, Eloy de Medio, José M. Pérez, Francisco Ceferino, Arnaldo Pardini, Julio César Marotti, José Berdía, Gabriel Blanco, José Bueno, Américo Besada y Juan Emilio Elena.

Su primer campeonato conquistado fue el torneo de Primera D en 1962, cuando se coronó campeón invicto.

Era su segunda participación dentro del fútbol profesional argentino, ya que en 1961 fue subcampeón de la misma categoría.

Por la fecha 42 de ese torneo, Arsenal cayó derrotado 3 a 0 con Lanús, perdiendo la categoría.

Un recordado ascenso es el vivido en 1992, cuando ganó el Zonal Sudeste, venciendo en Mar del Plata al local Alvarado, por 2-1.

Entré paréntesis se muestran los cambios Luego de jugar diez temporadas en la Primera B Nacional conseguiría el tan ansiado ascenso a la Primera División en el año 2002, como el ganador del "Torneo Reducido" venciendo en la final a Gimnasia y Esgrima (CdU).

Su mejor participación en Primera División fue en el Torneo Clausura 2012, donde se coronó campeón, consiguiendo 38 puntos.

El triunfo habría paso a un posible enfrentamiento ante el campeón de la Copa del Rey, el Real Madrid, como se venía especulando previo a la disputa de la Supercopa; sin embargo, el enfrentamiento nunca se consumó.

Formación Arsenal: Mario Cuenca; Darío Espínola, Carlos Casteglione, Jossimar Mosquera, Cristian Díaz; Javier Yacuzzi (Alejandro Gómez), Andrés San Martín, Israel Damonte (Sebastián Carrera), Diego Villar; Pablo Garnier (Martín Andrizzi) y José Luis Calderón.

Formación Arsenal: Mario Cuenca, Darío Espinola, Jossimar Mosquera, Aníbal Matellán, Christian Díaz, Israel Damonte, Carlos Casteglione, Pablo Garnier, Martín Andrizzi (Javier Yacuzzi), Alejandro Gómez (Santiago Raymonda), José Leonardo Ulloa (Andrés Yllana).

En la revancha, en Sarandí (26/09/2007), empataron 1 a 1, con goles a los 37m PT de Alejandro Gómez para Arsenal, y a los 46 PT Harison (Goias) Formación Arsenal: Mario Cuenca; Darío Espínola, Josimar Mosquera, Aníbal Matellán, Cristian Díaz; Pablo Garnier, Andrés San Martín, Carlos Casteglione, Martín Andrizzi (Diego Villar); Alejandro Gómez (Santiago Raymonda) y José Luis Calderón (Leonardo Ulloa).

Formación Arsenal: Mario Cuenca; Darío Espínola, Jossimar Mosquera, Aníbal Matellán, Cristian Díaz; Sebastián Carrera, Andrés San Martín, Carlos Casteglione (Alejandro Gómez), Martín Andrizzi (Pablo Garnier); Santiago Raymonda (Leonardo Ulloa) y José Luis Calderón.

Formación Arsenal: Mario Cuenca; Javier Gandolfi, Jossimar Mosquera, Aníbal Matellán, Darío Espínola; Sebastián Carrera (Pablo Garnier), Carlos Casteglione, Andrés San Martín, Javier Yacuzzi; Alejandro Gómez (Martín Andrizzi); José Luis Calderón (Santiago Raymonda).

Formación Arsenal: Mario Cuenca; Javier Gandolfi, Jossimar Mosquera, Aníbal Matellán, Cristian Díaz; Sebastián Carrera (Alejandro Gómez), Israel Damonte, Carlos Casteglione, Diego Villar (Martín Andrizzi); Leonardo Biagini (Santiago Raymonda) y José Luis Calderón.

Formación Arsenal: Mario Cuenca; Javier Gandolfi, Jossimar Mosquera, Aníbal Matellán, Cristian Díaz; Diego Villar (Pablo Garnier), Carlos Casteglione, Andrés San Martín, Javier Yacuzzi; Alejandro Gómez (Israel Damonte); José Luis Calderón (Leonardo Biagini).

El 05/12/07 en Avellaneda (cancha de Racing): Arsenal 1 (Martín Andrizzi), América 2 (Cristian Leonel Díaz e/c y Juan Carlos Silva) Formación Arsenal: Mario Cuenca, Javier Gandolfi, Josimar Mosquera, Aníbal Matellán, Cristian Díaz; Diego Villar (Martín Andrizzi), Israel Damonte (Santiago Raymonda), Andrés San Martín, Javier Yacuzzi; Alejandro Gómez y José Luis Calderón.

En el partido de ida, jugado en el Estadio Presidente Perón, Arsenal cayó derrotado por 3 a 1.

DT Daniel Garnero Boca: 1 Caranta - 4 Ibarra 2 Cáceres 16 Paletta 3 Morel Rodríguez - 22 Vargas 5 Battaglia 23 Dátolo 11 Gracián - 14 Palacio 9 Palermo.

Arsenal ganó la final al Gamba Osaka por 1 a 0 con gol de su capitán Carlos Casteglione.

Formación de Arsenal: 1 Mario Cuenca; 4 Darío Espínola, 19 Jossimar Mosquera, 6 Aníbal Matellán, 18 Cristian Díaz; 16 Sebastián Carrera, 13 Carlos Casteglione, 5 Cristian Pellerano, 8 Javier Yacuzzi; 10 Alejandro Gómez y 11 Facundo Sava.

Por tercera vez en su historia (todas con la dirección técnica de Gustavo Alfaro), Arsenal participa en la edición 2013.

Por la última fecha, Arsenal necesitaba ganar a The Strongest de local y que San Pablo pierda ante Atlético Mineiro.

El conjunto de Sarandí venció por 2 a 1 (Martín Rolle y Julio César Furch, Harold Figueroa para The Strongest) pero San Pablo venció 2 a 0 y pasó de ronda junto con Atlético Mineiro (este último luego se consagraría campeón del certamen).

El camino para ser campeón: En la final, el equipo formó con: Arquero: Defensores: Mediocampistas: Delanteros: Entrenador: Suplentes: Alejandro Limia / Gastón Esmerado / Martín Rolle (Ingresó al minuto 52) / Ramiro Carrera (Ingresó al minuto 67) / Emilio Zelaya (Ingresó al minuto 52) / Mauricio Sperduti / Milton Caraglio Este título significó la quinta copa en la historia de Arsenal y la cuarta de la mano de su DT Gustavo Alfaro (la única copa que Arsenal ganó con otro DT es la Copa Suruga Bank 2008 bajo la dirección técnica de Daniel Garnero).

En la segunda fecha, Arsenal disputó su primer encuentro de local, ganándole al Deportivo Anzoátegui por 3 – 0, con una gran actuación colectiva.

Arsenal jugó por primera vez en su historia en territorio uruguayo, en el Estadio Centenario para enfrentar a Peñarol.

El partido terminó 3 – 0, con goles de Emilio Zelaya, Mariano Echeverría y Marc Crosas en contra.

Al finalizar el partido, los simpatizantes del club aún mantenían una leve esperanza, ya que en caso de que Patronato cayera derrotado ante Rosario Central todavía tendría posibilidades matemáticas de mantener la categoría.

Contaba en su primera etapa con una tribuna de 70 metros y 15 escalones comprada al Club Atlético Banfield Aunque en 2001 se le construyó una tribuna lateral de cemento, luego del ascenso a la Primera División fue remodelado completamente, ya que en medio del partido final, el alambrado de la tribuna local se desplomó sobre la propia tribuna que albergaba a los simpatizantes locales, al estar subidos una numerosa cantidad de hinchas.

Pero la inauguración oficial fue el 10 de agosto, con motivo del partido ante el Club Atlético Banfield, por la Copa Sudamericana.