Aceptó y se trasladó a ese país centroamericano.
Cuando pensaba en regresar a Chile, lo contrató CD Atlético Marte, saliendo campeón en 1969 y 1970.
Ese año mismo año de 1970 tras clasificar al Mundial de México, la selección cuscatleca quedó acéfala y le ofrecieron el cargo don Hernán y él aceptó.
Volvió a Chile, donde durante diez años dirigió a clubes locales: en 1975 a Deportes Antofagasta, Deportes Aviación y, de nuevo, Universidad de Chile siendo jefe del cuerpo técnico de las divisiones inferiores.
Termina su trayectoria activa como técnico en el Municipal Limeño para posteriormente dedicarse a su propia escuela de fútbol llamada "Academia Futuro de Hernán Carrasco Vivanco".