En 1948-49 volvió a desarrollarse el torneo con trece equipos con un sistema de todos contra todos a visita recíproca en el cual 11 Municipal se convirtió en campeón con una marca de quince victorias, siete empates y dos derrotas (37 puntos en aquella época) y el club Libertad en subcampeón con apenas un punto menos; sin embargo, y a pesar de que el descenso no se encontraba institucionalizado, campeón y subcampeón no pudieron disputar el siguiente campeonato junto con otros cuatro equipos, siendo ocupadas sus plazas por otros tres y así reduciendo la temporada 1950-51 a solo diez equipos que disputaron el título de campeón nacional en un sistema de todos contra todos a un solo partido.
Para la temporada 1951-52 el número de participantes del Campeonato Nacional volvió a reducirse contando con solo ocho equipos aunque restaurando el sistema de visita recíproca, curiosamente el campeonato siguiente volvió a celebrarse con los mismos equipos, pero para la temporada 1953-54 el anterior subcampeón Juventud Olímpica no pudo participar al fallar su clasificación En 1955 el número de equipos volvió a aumentar a 10 participantes siendo esta la primera temporada en la cual el descenso estuvo definido para el equipo que terminara en la última posición de la tabla (Asturias Municipal descendió esa temporada), aunque el número de participantes continuó variable ya que para disputar la temporada 1957-58 dos equipos lograron el ascenso (Leones y Universidad de El Salvador) haciendo 11 participantes, mientras que en 1959, 11 Municipal renunció participar del campeonato (volviendo a 10 participantes).
El modelo de liga a visita recíproca continuó utilizándose hasta el campeonato de 1964, en el cual cambió ligeramente para hacer un campeonato a cuatro vueltas (doble visita recíproca) manteniendo el sistema donde el último lugar descendía a la división inferior mientras que el mejor equipo de esta ocupaba su lugar en la siguiente campaña, sin embargo, en la temporada 1968-69 el descenso fue congelado, mientras que en la siguiente campaña (1970) fueron dos equipos los descendidos y dos los que participaron en el campeonato de 1971, que aunque recuperaba el único descenso-ascenso, sería el último en el que se jugaría con un sistema de liga puro a cuatro vueltas.
El descenso en esta temporada no ocurrió, lo que para la 1978-79 hizo que 13 equipos participaran, aunque Juventud Olímpica se retiró al finalizar la primera vuelta, mientras que la segunda fase fue una división de los doce equipos aún participantes en dos grupos donde los dos mejores (con los puntos acumulados de la fase anterior) clasificaban a la cuadrangular final y los dos últimos definirían el descenso.
En la temporada 1988-89, el torneo se jugó de nuevo a cuatro vueltas.
se le contabilizaba un título menos de los que ha obtenido en Primera División.
La ubicación en la tabla general está sujeta a lo siguiente: En esta fase participan los 12 clubes de la Liga INDES jugando en cada torneo todos contra todos durante las 22 jornadas respectivas.
Si al finalizar las 22 jornadas del torneo, dos o más clubes estuviesen empatados en puntos, su posición en la tabla general será determinada atendiendo a los siguientes criterios de desempate: Para determinar los lugares que ocuparán los clubes que participen en la fase final del torneo se tomará como base la tabla general de clasificación.
Los ocho clubes calificados para esta fase del torneo serán reubicados de acuerdo con el lugar que ocupen en la tabla General al término de la jornada 22, con el puesto del número uno al club mejor clasificado, y así hasta el número 8.
De persistir el empate en estos periodos, se procederá a lanzar tiros penales hasta que resulte un vencedor.
En total, 15 equipos se han coronado en al menos una oportunidad como campeón del fútbol salvadoreño.