El primer subcampeonato del equipo se dio en el Campeonato Salvadoreño amateur 1943, donde quedó en segundo lugar bajo el nombre de Ferrocarril.El equipo cocotero se había convertido en años recientes como uno de los que mayor protagonismo ha tenido dentro del campeonato de la Segunda División del fútbol salvadoreño, en la cual se había mantenido disputando constantemente el título de campeón del torneo y por ende convertirse en candidato para subir a la Liga Mayor, en el cual su punto más cercano en la etapa actual donde ha estado más cerca del ascenso a la misma, ha sido al alcanzar tres de las últimas cuatro semifinales, la primera contra el equipo unionense Pasaquina en el Torneo Apertura del año 2013 (1-1/0-1), el Torneo Clausura 2015 con el equipo Guadalupano (0-1/1-1), y la última frente el cuadro “muñequero” de El Roble (1-1/0-3) el Torneo Clausura 2015, siendo relegado en las tres oportunidades que ha disputado.En el Torneo Apertura 2015 se anuncia que de forma sorpresiva Sonsonate jugaría en la Primera División, al recibir la cesión de la categoría del Real Destroyer equipo que recién había ascendido a Primera, pero declinó a participar.El equipo en este torneo realiza una muy buena primera vuelta, terminando 4°; la debacle inicia con la misma segunda vuelta, entrando en una racha de derrotas de la cual el equipo no lograría levantarse, situación que le costaría el puesto al entrenador Edwin Portillo.En el Apertura 2016, Sonsonate es el club que más cambios presenta en su plantilla, con la llegada del experimentado entrenador peruano Alberto Agustín Castillo y su cuerpo técnico, además llegan 15 nuevos refuerzos en diferentes posiciones, teniendo en claro que su aspiración era alcanzar la siguiente fase y tratar de ir avanzando partido a partido; para su sorpresa, el equipo no solo consigue el boleto a los cuartos de final, sino que aparte finaliza ambas vueltas de clasificación como 1° de la clasificación regular por primera vez en su historia.Ya en cuartos de final, el cuadro cocotero enfrentaría a Pasaquina, En donde tras un 1-2 en la ida, y un ajustado 1-0 en casa, logra avanzar con un global 2-2, esto gracias a la ventaja deportiva (que consiste en avanzar en casos de empate en puntos y goles) por su mejor ubicación en el campeonato regular.Tras el susto de ver cercana la pérdida de categoría, el cuadro "cocotero" tiene nuevamente dos torneos para el olvido, donde finaliza 11° en la tabla regular tanto del Apertura 2018 y el Clausura 2019; Sin embargo al filo de está logró salvarse del descenso finalizando quedando penúltimo en la tabla acumulada con 36 puntos, cinco más que su cercano perseguidor, Luis Ángel Firpo.
